نعى الأزهر الشريف في بيان له الشيخ محمد سعيد رمضان البوطي وتلاميذه الذين قضوا معه في تفجير أحد المساجد بدمشق. وقال بيان الأزهر: أنه يدين بشدة قتل العلماء، والاعتداء على حرمات المساجد وبيوت الله، والأزهر وإن اختلف مع الشيخ في مواقفه اتجاه الثورة في سوريا الشقيقة، فإنه يجرِّم ويؤثِّم إراقة الدماء البريئة، وإزهاق النفوس المعصومة، وأكد الأزهر في بيانه أنه على يقين أن مثل هذه الجرائم لا يمكن أن تصدر من الذين ينشدون الحرية، ويحافظون على قيمة الإنسان كما جاء في القرآن الكريم، وعقيدة أهل السُّنَّة والجماعة. من جانبه قال الدكتور حسن الشافعي رئيس مجمع اللغة العربية وعضو هيئة كبار العلماء أن مناصرة البوطي للنظام السوري لا تسوغ المساس به . وقال : " لقد فجعنا في فقد العالم السوري الكبير الدكتورمحمد سعيد رمضان البوطي، فرحمه الله وغفر له، ولقد كان للفقيد موقف اختاره هو، يناصر به النظام السوري الباغي، ولكن أيًا كان الأمر، فإن رأيه لا يسوغ لأحد الاعتداء عليه وعلى حرمة المساجد، وإراقة دماء المصلين الذين سعوا إلى بيوت الله لأداء فرائضه، وذكر اسم الله عز وجل، إن الخسارة في الفقيد كبيرة، وإن الصورة التي مضى بها فجيعة أخرى، ولا حول ولا قوة إلا بالله، اللهم اغفر له وارحمه، وعافه واعفو عنه، برحمتك التي وسعت كل شيء، وإنا لله وإليه راجعون " .