أكد الدكتور محمد عمارة المفكر الإسلامي المعروف وعضو مجمع البحوث الإسلامية، أن اشتغال جماعة "الإخوان المسلمين" بالسياسة "ليس ذنبا"، لأن السياسة هي جزء من الإسلام، وهاجم النظام السابق لأنه عمل على إقصاء الإسلاميين، وقال: إن قصر نظره تسبب في عزل التيار الوسطي المعتدل المستنير. وذكر عمارة خلال حديثه لقناة "الجزيرة" أنه نفسه منع من الظهور على شاشة التليفزيون المصري، كما منع من الكتابة من جريدتي "أخبار اليوم" و"الأهرام" وتمت مقاضاته في أكثر من دعوى، لأن النظام السابق كان هدفه محاربة الإسلام وإبراز عورات الفكر الإسلامي وليس محاسنه، ففضحهم الله ونكل بهم تنكيلاً. ودافع عمارة عن التيار الإسلامي الوسطي، والذي قال: إنه يسود القطاع الأكبر في مصر، وقال: إن "هذا التيار هو الغالب في كل القرى والنجوع والمدن بمصر"، مضيفا: "نعم التيار السلفي موجود ولا نريد أبدًا أن نقصي أي تيار لا السلفي ولا العلماني، ولا غيره بل علينا أن نقيم معهم الحوار". وانتقد عمارة العلمانيين الذين يسعون من خلال سيطرتهم على وسائل الإعلام للتخويف من الإسلاميين واستخدامهم ك "فزاعة" في محاولة لإقصائهم، على غرار ما كان يفعل النظام السابق. وأكد أن "الغلو العلماني مسيطر على الإعلام خوفًا من التيار الإسلامي، فنحن لا نريد إقامة فزاعات جديدة، بل لابد من إقامة حوار مع كل التيارات، وهؤلاء العلمانيون -أقصد غلاة العلمانيين لأن هناك علمانيين معتدلين- يحاربون الإسلام ويريدون أن يقتلعوا الإسلام من هوية مصر، فراحوا يتحدثون عن هدم الأضرحة، وكأن قلوبهم على الأضرحة وهم لا يؤمنون باليوم الآخر ولا يسجدون لله ويهتمون بالأضرحة". متهما هؤلاء بأنهم يريدون إحداث فتنة حول موضوع الأضرحة. وحول تولي المرأة منصب الرئاسة، قال عمارة: إن العلماء اختلفوا في هذه المسألة، وليس هناك قول ثابت حول توليها الرئاسة أم لا، وبالتالي يتم الاجتهاد في الرأي وهو ممكن أن تكون المرأة حاكمة. ولفت إلى إمكانية ترشح المرأة للحكم، ودلل على ذلك بأن القرآن الكريم أثنى على بلقيس – ملكة سبأ- وكانت تحكم مؤسسة بالشورى باليمن، ومن ثم فإنه في نظام الحكم بالشورى المؤسسي من الممكن أن تتولى المرأة الرئاسة، والرسول -صلى الله عليه وسلم- عين السمراء في منصب مماثل لمنصب المالية الآن، وليس هناك ما يمنع مشاركة المرأة في المناصب الكبيرة طالما هناك كفاءة. وأشار إلى أن من ينادي بإلغاء المادة الثانية من الدستور سيمحى من تاريخ مصر، لأن مصر شريعتها الإسلام، مؤكدًا أنه ليس فقط السلفيون هم من يتمسكون أو يدافعون عن تلك المادة التي تنص على أن الشريعة الإسلامية هي المصدر الرئيس للتشريع في مصر، بل أيضا كل العقلاء ومن بينهم أقباط يدافعون عنها ويتمسكون بوجودها.