قالت صحيفة "وول استريت جورنال" الأمريكية إن وصول الرئيس "محمد مرسي" إلى سدة الحكم يعني سياسية خارجية جديدة مغايرة تماما لما كانت عليه سياسيات الرئيس المخلوع حسني مبارك، وبصفة خاصة مع دول الجوار وتأتي السودان على رأسها، فيجب إعطاء هذه العلاقات حقها في التطور والارتقاء لما يقوم بين البلدين من صلات تاريخية وثقافية واقتصادية وسياسية. وأضافت الصحيفة أن انتخاب رئيس جديد في مصر وقيام نظام جديد يعني سياسة خارجية جديدة وعلاقات جديدة مع الدول تقوم على تحقيق المصالح المشتركة، هذا التغيير المؤمل أن ينطلق بعد تولي الرئيس المصري مهامه الدستورية والتنفيذية واستكمال بناء مؤسسات الدولة، لابد أن ينعكس إيجابا على العلاقات المصرية والسودانية، وإلى إعطاء هذه العلاقات حقها في التطور والارتقاء لما يقوم بين البلدين من وصلات تاريخية وثقافية واقتصادية وسياسية. وتابعت أن العلاقات المصرية السودانية شابها التوتر والأزمات في عهد الرئيس المصري السابق حسني مبارك، وتعددت مظاهر الأزمة بين البلدين ليس فقط في عهد حكومة الإنقاذ بل أيضا في عهد الصادق المهدي وأهم هذه المظاهر، أزمة عدم ثقة بين الأنظمة في السودان ومصر التي أبت أن تكون أداة طيعة بيد النظام المصري تضع في مرتبة السودان في الدولة المستقلة ذات السيادة المتحررة من الارتهان والتبعية، احتضان القاهرة في عهد مبارك لأجندة انفصال الجنوب فكرا وفلسفة وثقافة ثم لآليات العمل لتنفيذ هذه الأجندة أي قيادات الجيش الشعبي بزعامة "جون جرانج". وأكثر من ذلك أن نظام مبارك هيأ للجيش الشعبي كل أسباب ووسائل الاتصال بإسرائيل انطلاقا من الأراضي المصرية، بجانب اتهام السودان بمحاولة اغتيال حسني مبارك في أديس ابابا في إثيوبيا في يوليو 1995 وهو ما عمق من الأزمة بين البلدين حتى وصلت إلى حاقة الصدام. وأوضحت الصحيفة أن الهدف الذي ينبغي أن يركز عليه النظام الجديد في مصر عند اكتمال بناء المؤسسات التنفيذية والتشريعية يتمثل في ضرورة تبني سياسة التكافل بين البلدين على كافة الصعد، فإذا اتفقنا على وجود مشتركات بين مصر والسودان وبعد الإطاحة بنظام مبارك إضافة إلى تناغم غير مسبوق سياسي وفكري وأمني فإن إمكانية إحداث اختراق في العلاقات بين البلدين في ظل الوضع الجديد في مصر هي إمكانية متاحة وأهمها، استعدادات لدى الجانبين لطي صفحات الماضي والانطلاق من بدايات ومدخلات جديدة تقود إلى توطيد وترسيخ وتطوير هذه العلاقات على مختلف المستويات، ففي كلمة ألقاها الرئيس المصري المنتخب محمد مرسي في ميدان التحرير شدد على أهمية العلاقة بين مصر وإفريقيا وعلى تبني سياسة خارجية بعيدا عن التبعية والارتهان، ومن الحقائق المعروفة أن تبعية وارتهان مصر للخارج في عهد مبارك كانا من بين أهم الأسباب في تخليق الأزمة بين مصر والسودان. ويجب على مصر الجديدة بناء العلاقات بين البلدين أو إعادة بنائها على مفاهيم وأسس ومبادئ جديدة على ضوء استيعاب التحديات يحتاج إضافة إلى الاستعداد والإرادة التطبيق على ما يتم التوصل إليه من اتفاقيات ومعاهدات أي ترجمة على أرض الواقع لا أن تبقى حبرا على وفق على غرار ما يتم توقيعه بين الدول العربية في كثير من الأحيان. فعلى المستوى الإقليمي وتحديدا الدول الواقعة في منطقة النيل هناك جهود كبيرة تبذل وراء الكواليس وفي العلن لإقامة تكتل بعمق ونسق إسرائيلي يضم كلا من إثيوبيا وكينيا وأوغندا إضافة إلى دولة جنوب السودان، هذا التكتل تجاوز مرحلة الصياغة والتي أفرزتها زيارات لإسرائيل لكل من الرئيس الأوغندي يووري موسوفيني ورئيس الوزراء الكيني رايلا أودينجا خلال شهر نوفمبر 2011 ثم لرئيس دولة الجنوب سلفاكير بعد ذلك بشهر.