كشف مندوب الجهاز المركزى للمحاسبات خلال عرض تقريره على عمومية الأطباء عن عام 2018/2017 أن النقابة اشترت أجهزة بقيمة 6.3 مليون جنيه لمركز خاص، ومتوقفة عن العمل، منها جهاز بقيمة 4 ملايين جنيه بضمان 8 شهور. كما تضمن تقرير المركزى، عدم قيام النقابة بفصل حساباتها عن حسابات لجنة مصر العطاء، فضلاً عن قيام النقابة بشراء احتياجاتها استناداً لفواتير غير مستوفاة للشروط الضريبية، وعدم قيام النقابة بتنفيذ أحكام واجبة النفاذ لدفع تعويضات ضدها بقيمة 250 ألف جنيه. ورد على تلك الملاحظات الدكتور محمد عبدالحميد، أمين صندوق النقابة، بأنه سوف يتم تفاديها من العام القادم.