رحبت الكنائس الثلاث الأرثوذكسية ،والإنجيلية، والكاثوليكية بفوز د.محمد مرسي برئاسة الجمهورية ،كأول مرئيس مدني منتخب في تاريخ مصر . وقال د.أندريا زكي نائب رئيس الطائفة الإنجيلية إن مطالب الأقباط من الرئيس القادم لاتختلف عن مطالب المصريين ،لافتا إلى أن الأقباط يريدون من الرئيس الحالي التأكيد على مدنية الدولة ،وإصدار القوانين المعطلة ،وإقامة المصالحة الوطنية. ووصف زكي بيان مرسي الذي ألقاه مساء أمس الأول عقب إعلان النتيجة ،بأنه جيد ويدعو إلى التفاؤل ،داعيا كافة المصريين إلى كسر الصورة النمطية والنظر إلى المستقبل. وقال الأنبا بيسنتي أسقف حلوان والمعصرة إن الأقباط ينتظرون من د.محمد مرسي ، الحفاظ والتأكيد على "المواطنة" ،وإقامة دولة مدنية تكفل المساواة في الحقوق والواجبات وإقرار قانون بناء دور العبادة للأقباط ،و قانون الأحوال الشخصية للأقباط. وأضاف بسنتي أن الكنيسة تحترم نتائج الصناديق ،وإرادة الشعب المصري ،لافتا إلى أن وعود مرسي ب"تعيين" نائب قبطي تبعث على الأمل ،ونحن في إنتظار تنفيذ وعوده. ورفض الأنبا يوحنا قلتة النائب البطريركي للأقباط الكاثوليك التعقيب على فوز د.محمد مرسي بالرئاسة ،فيما قال الأب رفيق جريش المستشار الصحفي للكنيسة الكاثوليكية إن كنيسته ترحب بنتيجة الانتخابات الرئاسية ،وتحترم إرادة الشعب المصري . وأعرب جريش عن أمله في تنفيذ الوعود الرئاسية التي أطلقها مرسي خلال حملته الانتخابية والتي جاءت في خطابه،مشددا على ذات المطالب التي أطلقتها القيادات الكنسية التي تمس الأقباط. من جانبها أعلنت الحركات القبطية عن تقبلها واحترامها لنتائج الصناديق ، وانضمامها لصفوف المعارضة لدعم الدولة المدنية. وقال إبرام لويس المتحدث الاعلامى باسم الحركة لأننا نحب وطننا ونتفهم قواعد اللعبة الديمقراطية فإننا نقبل بنتيجة الانتخابات وننحنى احتراماً للصندوق الذى قال كلمته . وأضاف سنقف فى صفوف المعارضة لنشارك فى حماية مدنية الدولة وحقوق الأفراد من كل الأطياف والانتماءات ضد أى محاولة للهيمنة باسم الدين. في سياق متصل بعث ائتلاف أقباط مصر برسالة للرئيس محمد مرسي ،قال فيها "اعلم سيادة الرئيس أننا سنكون من صفوف معارضيك ،ليس من أجل المعارضة لكن من أجل مستقبل أفضل لهذا الوطن الحبيب ، من خلال وضعك تحت رقابة الشعب مصدر السلطة وكما قلت إنك إن لم تقم بما وعدت به فلا طاعة لك علينا". وطالب ائتلاف أقباط مصر، "مرسي " بالإلتزام بالمبادئ التالية خلال قيامه بتنفيذ مشروع النهضة. أولاً: الحفاظ على هوية الدولة المصرية ومدنيتها الوسطية،و تأكيد وترسيخ مبدأ المواطنة الكاملة لكل أبناء الشعب المصرى،والغاء كافة أشكال التمييز، وأحترام جميع المعاهدات والمواثيق الدولية التى أبرمتها مصر ،الحفاظ على حقوق الانسان المصرى وبالاخص المرأة والاقليات،و تدعيم الوحدة الوطنية بين كافة أشكال الشعب المصرى باختلاف عقيدتهم الدينية وتوجهاتهم السياسية وتياراتهم المختلفة،ضمان عدم تغول فصيل سياسي في الحياة السياسية المصرية ، المطالبة بتفعيل مواد الدستور والقانون التى تدعم حرية الرأي والتعبير والاعتقاد، والسعى الى أصدار قوانين ضد التمييز وتوحيد دور العبادة والاحتكام لغير المسلمين الى شرائعهم، والقصاص العادل لدماء الشهداء بدء من تفجيرات كنيسة القديسين وحتى مذبحة العباسية ومحاسبة كل من تورط فى اراقة دماء المصريين.