شدد فضيلة د.علي جمعة مفتى الجمهورية على أن الاعتداء على الكنائس بالهدم أو تفجيرها أو قتل من فيها أو ترويع أهلها الآمنين من الأمور المحرمة في الشريعة الإسلامية السمحة. وقال جمعة في معرض رده عن سؤال اليوم السبت حول الحكم الشرعي في الاعتداء على الكنائس ودور العبادة، أو استهدافها بالهدم أو الحرق أو التفجير؟ : "إن رسول الله- صلى عليه وسلم- اعتبر ذلك العمل بمثابة التعدي على ذمة الله ورسوله، وأنه "خصيم" من يفعل ذلك يوم القيامة وأن مَن قتل معاهدا له ذمة الله وذمة رسوله حرِّم عليه ريح الجنة، وأن ريحها ليوجد من مسيرة سبعين خريفا". وأكد المفتي: "أن التعدي على المسيحيين من أهل مصر نقض لعقد المواطنة حيث إنهم مواطنون لهم حق المواطنة، وقد تعاقدوا مع المسلمين وتعاهدوا على التعايش معا في الوطن بسلام وأمان، فالتعدي عليهم أو إيذائهم أو ترويعهم- فضلاً عن سفك دمائهم أو هدم كنائسهم- فيه نقض لهذا العقد، والعهد الواجب الحرص على الوفاء به مصداقا للقرآن الكريم وللحديث النبوى الشريف فى هذا الصدد" . وأشار المفتي في معرض رده على الفتوى إلى أن في هذه الأعمال والتهديدات مخالفة لما أمر به الشرع على سبيل الوجوب من المحافظة على خمسة أشياء أجمعت كل الملل على وجوب المحافظة عليها، وهي: الأديان، والنفوس، والعقول، والأعراض، والأموال، وهي المقاصد الشرعية الخمسة، فالمقتول مواطن غافل لا جريرة له، وله نفس مصون يحرم التعدي عليها ويجب صيانتها، وقد عظم الله تعالى من شأن النفس البشرية فقال "من قتل نفسا بغير نفس أوفساد في الأرض فكأنما قتل الناس جميعا ومن أحياها فكأنما أحيا الناس جميعا". كما أكد مفتي الجمهورية- أن قول بعضهم: “إن العهد الذي كان بيننا وبينهم إنما هو عهد الذمة، وقد زال هذا العهد، ومن ثم لا عهد لهم عندنا: فهو كلام باطل ينقصه كثير من الإدارك والفقه، فالمواطنة في صورتها المتفق عليها المعمول بها في دساتير العالم الإسلامي وقوانينه، ومنها الدستور المصري الذي ينص في المادة الثانية منه على مرجعية الشريعة الإسلامية، والتي من مبادئها إقرار المواطنة" . وأشار المفتى إلى ما ورد في وثيقة المدينة؛ التى أبرمها الرسول عليه السلام حيث نصت على التعايش والمشاركة بين أبناء الوطن الواحد، وإن اختلفت ديانتهم، ولم يكن فيها عقد ذمة ولا جزية، ومن ثم فهذا العقد من العقود المشروعة التي يجب الوفاء بها كعهد الذمة تمامًا. وأكد د. جمعة أن المواطنة تشمل في مضمونها السماح بممارسة طقوس أديانهم في دور عبادتهم، مع ضمان سلامة دور العبادة، وتحريم الاعتداء بكافة أشكاله عليها، بل إن القرآن الكريم جعل الجهاد لرفع الطغيان ودفع العدوان وتمكين الله تعالى لهم في الأرض سببًا في حفظ دور العبادة من الهدم، وضمانًا لأمنها وسلامة أصحابها.