اختلفت ردود الأفعال تجاه وثيقة الأزهر للحريات الأربع عقب صدورها، خاصة أنها تجمع آراء مختلف النخب والطوائف السياسية في المجتمع المصري بشتى مواقفه واتجاهاته: حيث يقول عبد المعطي ذكي مدير مكتب حزب الحرية والعدالة بأمانة محافظة الجيزة : أهمية وثيقة الأزهر أنها صادرة من قيادة دينية لم تكن تتدخل في السياسة من قبل، وبعد الثورة بدأ الأزهر يستعيد دوره وهذه قيمة تاريخية مشيرا إلى أن الدكتور أحمد الطيب ، يجيد اللغات ومتخرج من جامعة أجنبية ، وكلامه يلقي قبول الجميع وعلاقته بالبابا شنودة جيدة ولا وجود للحساسيات بين الأزهر والبابا والأزهر يحظى بقبول كل الأطياف. وأشار عبد المعطى إلى أن الوثيقة تبحث في الحريات وفي صناعة الوفاق الوطني ، وللوثيقة أهمية كبيرة لأن الدين هو مكون أساسي في الشخصية المصرية ، وفي التصدي للتيارات المتشددة مؤكدا أن التيار الإسلامي لا يريد الاستحواذ. من جانبه قال الدكتور كمال الهلباوي المتحدث السابق باسم جماعة الإخوان المسلمين في الخارج: إن المواطن المصري أيا كان لا يختلف على الوثيقة مهما كانت عقيدته أو توجهه السياسي أو الديني أو الاجتماعي. وأكد أن وضع تحفظات على وثيقة الأزهر يحتاج إلى قراءة متأنية للوثيقة وتفنيد نقاطها ، مؤكدًا أنه في العموم لا اختلاف على الوثيقة بين المواطنين المصريين أيا كانت دياناتهم. وأبدى الشيخ الدكتور ياسر برهامي اعتراضه على كلمة المبادئ الكلية للشريعة الإسلامية ، مؤكدا أن الأزهر يدرس الشريعة الإسلامية وليست المبادئ الكلية فقط ، معتبرا أن زيادة كلمة المبادئ الكلية يضعف دلالة المادة الثانية من الدستور . وأكد برهامي أن نص التحاكم موجود تلقائيا في الشريعة وتناوله في الوثيقة لا أهمية له ولا نحتاج إليه لأنه ضمن الشريعة . مشيرا إلى اعتراض البابا شنودة على حكم الزواج الثاني عند الأقباط لأنه مخالف لعقيدتهم ،وتم الدفع بعدم دستورية الحكم لأنه مخالف للمادة الثانية وأكد انه لابد أن تقيد المادة لأن هذا الكلام قد يضر طوائف ويعمل خللا بينها وأشار برهامي إلى اعتراضه أيضا على التأكيدات المبالغة في منع أي معوقات في حرية العبادة وممارساتها ، لأنها قد تعمل خللا اجتماعيا ضخما ، وشدد على أنه لابد من وضع ضوابط لأن هناك طوائف قد تستغل النصوص الواسعة الفضفاضة في المطالبة بممارسة شعائرها بطريقة مضرة للمجتمع كالبهائية والقاديانية والحسينيات الشيعية التى من الممكن أن تشوه صورة المجتمع المصري مثل مظاهر تقطيع الأجساد عند الشيعة ، ويتطلب ذلك ضوابط في إطار القيم الثابتة للمجتمع المصري . من جانبه قال الشيخ هشام كمال منسق الجبهة السلفية: إن وضع الأزهر لوثيقة للحريات أمر جيد حتى يكون هناك نهج إسلامي حاكم لكافة الأطياف ، وشدد على أن مؤسسة الأزهر علمتنا مقاومة التغريب. وأبدى كمال اعتراضه على بعض الشخصيات من الذين شاركوا فى صياغة الوثيقة مثل الدكتور يوسف القعيد ، والدكتور عمرو عبد السميع ، مشيرا إلى أن معظم الشخصيات أدبية فقط بخلاف الخلفيات الشرعية . واعتبر منسق الجبهة السلفية أن الوثيقة تأخذ طرفا ولا تأخذ طرفا آخر في حرية الرأي والتعبير وغيره ، متسائلا: أين حدود الضوابط الشرعية والعادات والتقاليد الخاصة بالمجتمع المصري في الوثيقة ؟ معتبرا أن الوثيقة ركزت على ذلك باستحياء. وأعرب كمال عن رفضه لمصطلح التشدد السلفي لأن به تفزيع ويعمل فجوة بين مختلف الأطياف وبين المجتمع والتيارات الإسلامية .