ذكرت منظمة العفو الدولية أن المجلس العسكري تعهد أكثر من مرة بتلبية مطالب الثورة، لكنه كان مسؤولاً عن سلسلة من الانتهاكات، تجاوزت ما كان يحدث في عهد الرئيس المخلوع حسني مبارك، وحدث تراجع في وضع حقوق الإنسان في البلاد؛ مطالبة بمحاسبة المسؤولين عن هذه الانتهاكات. وقال الأمين العام لمنظمة العفو الدولية سليل شيتي :"إنه بعد مرور عام على خلع مبارك، وإنهاء ثلاثة عقود من القمع، ما زال المصريون ينتظرون التغيير والحرية والعدالة، ويواجهون مستقبلاً غامضاً تحت قيادة الحكم العسكري"، مشيراً إلى أنه تم استبدال القبضة الحديدية لنظام مبارك، بقبضة مساوية لها، يمثلها جنرالات المجلس العسكري، لافتاً النظر في هذا السياق إلى الانتهاكات التي ارتكبها الجيش على مدار العام الماضي، بدءا من كشوف كشف العذرية، واستخدام العنف ضد المتظاهرين. وأضاف شيتي - في مقال نشرته المنظمة - أن المصريين ينتظرون معرفة ما إذا كان البرلمان المنتخب يملك الشجاعة لتحدي المجلس العسكري، مشيراً إلى أن سميرة إبراهيم، الفتاة التي تعرضت لاختبار كشف العذرية على يد ضباط الجيش، ما زالت تتلقى تهديدات، لكنها مثل باقي المصريين مستمرة في القتال، وتقول إن تنازلها عن القضية سيعرض فتيات أخريات للموقف نفسه. ونظمت العفو الدولية مسيرات حاشدة في عدد من عواصم العالم، يوم السبت، في ذكرى تنحي مبارك، للدعوة إلى احترام حقوق الإنسان في الشرق الأوسط وشمال أفريقيا، وإعلان تضامنها مع دول الربيع العربي، وقال شيتي :"إن الهدف من المسيرة هو إرسال رسالتين الأولى لشعوب العالم العربي نقول فيها نحن معكم، والثانية لحكومات الشرق الأوسط، نؤكد لهم فيها أنهم سيخضعون للمحاسبة". من جهتها، أعلنت منظمة هيومان رايتس ووتش أن مناخ حرية التعبير في مصر تدهور منذ خلع مبارك، مطالبة المجلس الأعلى للقوات المسلحة، بأن يتحرك سريعاً لإنهاء اعتداءات قوات الأمن على الصحفيين، ووقف الملاحقات القضائية التي تستند إلى قوانين تنتهك حرية التعبير، ودعت البرلمان إلى إلغاء هذه القوانين بسرعة. وقال نائب المدير التنفيذي للمنظمة لقسم الشرق الأوسط وشمال أفريقيا جو ستورك :"إن العام الماضي شهد اعتداءات مقلقة على حرية التعبير، وتعرض من انتقدوا الحكم العسكري ومن نقلوا هذه الأصوات إلى الرأي العام للتهديدات البدنية والقانونية، مشيراً إلى أن الانتهاكات شملت محاكمات عسكرية للمتظاهرين والمدونين، واستجواب للصحفيين والنشطاء جراء انتقاد الحكم العسكري، وتجميد تراخيص القنوات الفضائية الجديدة، وإغلاق مقر لقناة الجزيرة، إضافة إلى اتهام كل من رجل الأعمال نجيب ساويرس وفنان الكوميديا عادل إمام، بإهانة الدين بموجب قوانين «تعسفية فضفاضة» تعود إلى عهد مبارك. وأضاف ستورك في التقرير الذي نشرته المنظمة على موقعها الإلكتروني :"يبدو أن المجلس العسكري يقاضي الصحفيين دون وجه حق، كي يشتت الأنظار عن القسوة التي تمارسها قوات الأمن مع الإعلام"، مشيراً إلى أن هذه القضايا ترسل رسالة تخويف لمنتقدي الحكم العسكري ومؤيدي الإصلاح الديمقراطي، مفادها أنهم لا يمكنهم التعبير عن أنفسهم بحرية.