اعتبرت هيئة علماء السودان، أن كل من وقع على "وثيقة كمبالا" التي تدعو لفصل الدين عن الدولة خارج الملة والدين. وقال الأمين العام للهيئة الدكتور محمد عثمان صالح، في تصريح صحفي اليوم الجمعة: "إن كل إنسان مسلم يجب عليه الاعتراف بحكم الله عز وجل حسب ما ورد في القرآن الكريم والسنة المطهرة"، مؤكدا أن هذه الأحكام ينفذها الحاكم الذي ولاه الله على الناس . وأضاف أن: "كل من زعم أنه لا يجب الحكم بما أنزل الله أو سعى لترويج مسألة فصل الدين عن الحياة العامة، يكون وقع في المحظور؛ لأن هذا الوجوب والاعتراف والتطبيق لحكم الله واجب على الجميع وأوجب ما يكون على الحاكم وعلى الرعية السمع والطاعة"، كما استشهد ببعض الآيات القرآنية كقوله تعالى (ومن لم يحكم بما أنزل الله أولئك هم الكافرون). وكانت أحزاب سودانية معارضة قد وقعت مع (الجبهة الثورية) السودانية مؤخرا بالعاصمة الأوغندية كمبال، على ما يسمى بوثيقة (الفجر الجديد) التي تدعو إلى فصل الدين عن الدولة، وإسقاط نظام الحكم في الخرطوم باستخدام شتى الوسائل بما في ذلك العنف المسلح.