كشف تحقيق أجرته هيئة الأوراق والأسواق المالية الأمريكية، أنه أثناء رئاسة الفريق شفيق للقوات الجوية، تلقي أحد مساعديه برتبة لواء، رشوة 564 ألف دولار(نحو 3 ملايين و380 ألف جنيه مصري، وزعم اللواء المتقاعد أنه طلب أموالا ل"ضمان ولاء الفريق، مقابل تنفيذ مشاريع تتعلق بطائرات f16، خلال الفترة من 1999 إلى 2004 جاء ذلك وفقا لما نشرته المصري اليوم 15/2/2012 وترك شفيق وزارة الطيران مديونة بمبلغ 6 مليارات جنيه، وهو ما يعني أنه لو فاز ستقترض كل الوزارات ويجعل مصر تشهر إفلاسها للأجانب (ص 31 و32و33 من تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات). كما أهدر 3 مليارات جنيه اقترضها لإنشاء ممر ثالث أو ما يعرف بمطار القاهرة الجديد وتم اقتراض المبلغ من البنك الدولي دون داع أصلا لإنشاء المطار الجديد حيث أن مطار هيثرو بلندن به ممران فقط ويحقق أرباح وحركة طيران أعلى بكثير من تلك التي يحققها مطار القاهرة، علما أن الشركة التركية التي شاركت في تنفيذ هذا الممر أو المطار أنشأت مطار أتاتورك في تركيا دون قروض. وأثبت تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات أن أحد الممرات الثلاث بمطار القاهرة لا يعمل ويتم استخدامه للطوارئ فقط، لوجود عيوب فنية به عبارة عن تشققات ومطبات، رغم تكلفة الممر وبرج المراقبة نحو مليار و500 مليون جنيه (تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات ص 73). ولم يحقق مطار القاهرة أرباح سوى 200 مليون جنيه فقط، بعد تجاهل أن المطار مديون ب 3 مليارات جنيه)، يعني أي صاحب سلسلة محلات يحقق أرباحا أكثر، بل إن الشركات الخمس التابعة لوزارة الطيران بما فيها مطار القاهرة لم تحقق ربحا سوى 600 مليون جنيه فقط.(ص 20 من تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات) وسلم شفيق المطارات المصرية للأجانب، حيث عهد لشركة فرابورت الألمانية بإدارة مطار القاهرة وتعاقد مع شركة مطار دي باريس الفرنسية إدارة باقى المطارات (ص 33 من تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات) - إهدار مئات الملايين من الجنيهات على عملية تصميم وإدارة واستلام مبنى 3 الجديد بالأمر المباشر،واستلام المبنى غير صالح فنيا ومخالف للمواصفات. - إهدار 400 مليون جنيه صرفت على تجديد مبنى 2 الذي تم هدمه رغم عمله بكفاءة وبيع أجهزته وأنقاضه ب8 مليون جنيه فقط. - إهدار 850 مليون جنيه في إنشاء ممر جديد بالأمر المباشر غير مطابق للمواصفات ويهدد سلامة الطائرات والركاب. - إهدار 38 مليون جنيه في عملية توريد ماكينات التفتيش على الحقائب لمطار شرم الشيخ. - إهدار 450 مليون جنيه في إنشاء برج جديد غير مطابق لمواصفات وبه العديد من العيوب. - إسناد عملية ميكنة مطار القاهرة والمطارات الدولية المصرية بالأمر المباشر لشركة أجنبية واحدة ما يهدد الأمن القومي. - إهدار الشركة الألمانية التي تدير مطار القاهرة أكثر من 100 مليون جنيه سنويا وإسقاط ترخيص منظمة الإيكاو لمطار القاهرة. - مخالفات مالية صارخة في صندوق تطوير الطيران المدني أدت لإهدار مئات الملايين سنويا. - إنفاق ما يقارب ال10 مليارات جنيه في عهد شفيق على أعمال التطوير الوهمية في مطار القاهرة. *حصول بناته على 6 قطع أراض بمنطقة الجولف بأقل من سعرها بنحو 29 مليون جنيه. كشفت عمليات التفتيش على مطار القاهرة (أول ما يراه السياح في مصر) عن انتشار الحشرات الطائرة والزاحفة والقوارض، فتعاقد مع شركة أمريكية للقضاء على الحشرات (ص76من تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات) أهدر 54 مليون جنيه تمثل قيمة تكاليف تجديد شبكات الكهرباء في مبنى الركاب رقم 2 وبعدها بشهر تم إغلاق المبنى كله للتطوير وتجديده بما يعني إتلاف شبكة الكهرباء الجديدة. شراء سيارتين مرسيدس له في باريس، وسفر بناته وأقاربه 45 مرة إلى باريس على نفقة الوزارة. الموقع غير مسئول قانونا عن التعليقات المنشورة