شن البابا شنودة الثالث بطريرك الكنيسة الأرثوذكسية هجوما شديدا على حكم الردة الصادر عن محكمة القضاء الإدارى, فى ظاهرة جديدة بالتدخل فى أحكام القضاء ومطالبة السلطة السياسية بالتدخل أيضا, حيث أعرب عن غضبه الشديد بسبب الحكم القضائي الذي رفض السماح للمتحولين عن الإسلام بقيد ديانتهم المسيحية مجددا في الأوراق الرسمية. وأشار مصدر وثيق الصلة بالبابا عن عزم البابا شنودة التحدث للرئيس مبارك عن ما أسماه المحنة التي أصبح يعيش فيها العائدون للمسيحية وبينهم طلبة وأطباء ومهندسون حيث بات مستقبلهم مهددا بعد أن وجدوا أنفسهم غير قادرين علي استخراج شهادات إثبات الشخصية. وأكد نجيب جبرائيل المستشار القانوني للبابا شنودة أنه قرر اللجوء للمحكمة الإدارية العليا للطعن علي حكم محكمة القضاء الإداري والذي أدي لغضب عارم في صفوف الأقباط، ، حسبما ذكرت جريدة القدس العربي. وأشار إلي أن رجال الكنيسة باتوا علي يقين بأن تصريحات كبار المسؤولين في الدولة بشأن حرص الحزب الوطني وحكومته علي ترسيخ مبادئ المواطنة لا قيمة لها وأنها مجرد محاولات لاستقطاب الرأي العام في الداخل والخارج. وهاجم الأسقف يوأنس مستشار البابا لشؤون الشباب الحكم المذكور قائلا بأن أخطر ما فيه هو الإدعاء بأن الذين عادوا مجددا للمسيحية مرتدون وهو ما يعطي الحجة للمتشددين الإسلاميين بتطبيق حد الردة عليهم وفق رأي يوأنس الذي شدد علي أن العديد من الأساقفة والرهبان يشاطرونه الرأي في أن الأقباط يشعرون بالخوف والقلق بعد ما اعتبروا ذلك تخليا لأجهزة الدولة المدنية عنهم. وأكد الأنبا مرقص أسقف شبرا أن البابا شنودة طلب تقريرا مفصلا عن الحكم المذكور وإمداده بقائمة للذين أضيروا منه وذلك لبحث الموقف من جميع جوانبه.
وتردد أن قيادات في الكنيسة اقترحت اللجوء "لجمال مبارك" من أجل التدخل لحل الأزمة علي وجه السرعة وذلك لأن عددا من الطلاب الأقباط مهددون بعدم دخول الامتحانات بسبب ذلك الحكم. وقد انتقد الكاتب طلعت جاد الله الحكم ووصفه بأنه يكرس للدولة الدينية التي يدعي الحزب الوطني الحاكم أنه يقوم بمحاربتها ومنع خروجها للنور. وأضاف جاد الله بأنه يتوقع أن يسقط الحكم في الدعوي التي رفعها جبرائيل أمام الإدارية العليا وذلك لأن هناك واقعة مشابهة إذ صدر حكم قضائي يشير لحق المواطن في العودة لعقيدته بعد اعتناقه الإسلام أو أي ديانة أخري. وتشهد القاهرة خلال الوقت الراهن تنسيقا بين عدد من المنظمات القانونية وذلك من أجل محاصرة آثار الحكم القضائي وتقديم عدة طعون. وانتقد د. كمال زاخر المفكر القبطي الحكم معتبرا إياه يسقط ورقة التوت التي يستتر خلفها النظام المصري والذي يدعي أنه يقف في وجه أي محاولة لإنشاء حكم ديني بينما الحكم القضائي الأخير يؤكد كذب إدعاء الحكومة المصرية. وأكد زاخر علي ضرورة التفاف قوي المجتمع المدني في خندق واحد للتنديد بالحكم وذلك لأنه يقف في وجه الدولة العصرية.
الكنيسة الإنجيلية: الحكم بردة العائد للمسيحية خروج علي مبدأ المواطنة وقد شاركت الكنيسة الإنجيلية أيضا فى الهجوم على الحكم القضائى حيث اعلن القس صفوت البياضي رئيس الطائفة الانجيلية في مصر رفضه لاعتبار محكمة القضاء الاداري المسيحي الذي اسلم وعاد مرة اخري للمسيحية مرتدا، وعدم الزام وزارة الداخلية باستخراج بطاقات وشهادات ميلاد مدونا عليها ديانته التي عاد اليها. أكد البياضي ان اجتماع الكنيسة الانجيلية السنوي الاثنين بأسيوط سوف يناقش الحكم. أشار البياضي الي وجود حكم سابق، يؤكد أحقية المسلم الذي كان مسيحيا بأن يعود الي ديانته، حسبما ذكرت جريدة الوفد. واعتبر البياضي الحكم الجديد ردة وخروجا علي مبدأ المواطنة، كما يأتي مخالفا للمادة 40 من الدستور التي تضمن حرية العقيدة. وقال البياضي ان الحكم يدفع الكنيسة الي فقدان الثقة في التعديلات الدستورية الاخيرة. وأكد ان الكنيسة الانجيلية ستصدر بيانا ترفض فيه الحكم.