طالبت منظمة هيومن رايتس ووتش مصر بإطلاق سراح المئات من أعضاء جماعة الإخوان المسلمين وجمعت المنظمة أسماء 226 عضواً محتجزاً في الوقت الراهن من قبل السلطات المصرية "وذلك بخلاف معتقلى يوم الخميس بسائر المحافظات والذين زاد عددهم عن الثمانين. وذكرت أن قوات الأمن قد اعتقلت في البداية خيرت الشاطر، نائب المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين، بالإضافة إلى 16 عضواً قيادياً آخرين من الجماعة في مداهمات متزامنة جرت قبل فجر يوم 14 ديسمبر كما تم القبض على أكثر من 140 طالباً بجامعة الأزهر، وتم في وقت لاحق توجيه الاتهامات للمعتقلين بإمداد الطلاب بتدريبات قتالية وسكاكين وسلاسل. وفي 29 يناير أسقط قاضٍ من المحكمة الجنائية بالقاهرة جميع الاتهامات الموجهة إلى الشاطر والمتهمين الآخرين، وأمر بإخلاء سبيلهم فوراً وطالب القاضي في حكمه الحكومة اسماً باحترام قراره. وتجاهلت الحكومة أمر القاضي؛ فبعد دقائق من الحكم ببراءتهم تم القبض مجدداً على الشاطر و15 عضواً قيادياً آخرين من قِبل الشرطة. وفي 6 فبراير قام الرئيس مبارك، الذي تحرك بصفته القائد الأعلى للقوات المسلحة، بنقل هذه القضايا إلى محاكمة عسكرية، بالإضافة إلى 24 قضية أخرى لأعضاء الإخوان المسلمين. وقالت سارة ليا ويتسن، مديرة قسم الشرق الأوسط في هيومن رايتس ووتش: "يظهر من إعادة القبض على هؤلاء الرجال بعد دقائق من إعلان براءتهم ازدراءٌ مطلق لسيادة القانون وعدم احترام مروع للمحكمة". وذكرت المنظمة أن قانون الطوارئ المصري، والنافذ من دون انقطاع منذ عام 1981،يتيح نقل المدنيين إلى محاكمات عسكرية من قبل الرئيس. وفي مصر، يكون قرار المحكمة العسكرية نهائياً، ولا يمكن استئنافه أمام محكمة أو هيئة عليا؛ مما يحرم المتهمين من حقوقهم الكاملة في إجراءات التقاضي القانونية الصحيحة. يذكر أن مبارك قال فى حوار منشور أن الإخوان المسلمين يمثلون "تهديداً للأمن القومي"؛ وأعلن مهدي عاكف، المرشد العام للجماعة، بعد هذا بقليل أن الجماعة ستتقدم للمرة الأولى بطلب التسجيل كحزب سياسي قانوني، كرد فعل على التعديلات الدستورية المطروحة والتي سوف تستبعد مرشحي الإخوان المسلمين من الانتخابات المستقبلية، بما فيها انتخابات مجلس الشورى هذا الربيع. وفي 26 يناير رد وزير الداخلية حبيب العادلي بالنفي على التصريح الخاطئ لأحد الصحفيين على التليفزيون الحكومي أن الإخوان المسلمون يزعمون أن 3000 من أعضائهم رهن الاحتجاز، إلا أنه أشار أنه يجب على الحكومة أن "تكمل هذا العدد"، من خلال القبض على مئاتٍ آخرين كما يبدو.