اختطفت أجهزة الأمن المصرية المهندس محمد، نجل المستشار عبد الغفار محمد، قاضى قضية تنظيم الجهاد الكبرى عام 1988، وذلك بعد أن داهمت قوات الأمن منزل المستشار فى مصر الجديدة وحاصرته بعدد كبير من السيارات المصفحة وقامت بالاستيلاء على جميع أوراقه ومستنداته الخاصة التى كان يحتفظ بها، ومن بينها مذكراته التى كان قد انتهى من كتابتها قبل وفاته بأيام. وبحسب صحيفة المصرى اليوم التى أجرت حواراً مع المستشار عبد الغفار محمد فى نوفمبر 2007 أثناء نشر المراجعات الفقهية لتنظيم الجهاد التى كتبها مفتى التنظيم الدكتور سيد إمام، اصطحبت قوات الأمن نجله الأكبر ويعمل مهندساً بإحدى الشركات وقامت باحتجازه حتى الآن دون أن تعلم أسرته مكان وجوده، على الرغم من محاولات الأسرة المضنية معرفة مكانه، لاسيما بعد تقدم شقيقته وابنة القاضي الراحل التى تعمل مستشارة فى هيئة قضايا الدولة بتظلم لوزارة الداخلية دون أى جدوى. ورغم رفض المسئولين بالوزارة استقبال المستشارة من أجل التقدم بالتظلم أو السماح لها بلقاء أى مسؤول، فإن حراس الوزارة أخبروها بأن المسئولين سيطلعون على التظلم وسيحاولون الإفراج عن شقيقها فى أقرب وقت ممكن، لاسيما أنه يلقى معاملة كريمة داخل مقر احتجازه - حسب قولهم. واستولت السلطات الأمنية التى اقتحمت المنزل على المكتبة الكاملة القاضي الراحل، إضافة إلى الاستيلاء الكامل على جميع الأوراق والتحقيقات التى كان يحتفظ بها طوال حياته سواء التى قام بالتحقيق فيها مثل تحقيقات محكمة الثورة أو التحقيقات الخاصة باغتيال الرئيس السادات التى شارك فيها، وعلى رأسها قضية الجهاد الكبرى ومحاولة قلب نظام الحكم. كان القاضي الراحل أوصى بعدم إقامة سرادق عزاء له بعد وفاته، وقصر العزاءات على البرقيات التلغرافية، وأرسل الرئيس مبارك برقية تعازي لأسرة المستشار الراحل عقب وفاته الأسبوع قبل الماضى، وقامت رئاسة الجمهورية بإرسال البرقية إلى منزل القاضي عقب نشر الأسرة نبأ الوفاة فى وفيات "الأهرام". كما أرسل الدكتور فتحي سرور، رئيس مجلس الشعب، برقية تعازي، والنائب العام المستشار عبد المجيد محمود، وسط تجاهل من نادي القضاة الذي كان الراحل أحد أبرز أعضائه كرئيس لمحكمة الاستئناف، إلى جانب نقابة المحامين التى انضم إليها بعد تقاعده وعمل محامياً لسنوات طويلة. تجدر الإشارة إلى أن مقدمة الحوار مع القاضي الراحل ذكرت أن الرجل أدلى بأسرار كبيرة وكثيرة حول عملية اغتيال الرئيس السادات والتحقيقات التى أجرتها إحدى الجهات السيادية ولكنها لم تكشف بعد، وأنه أوصى بعدم كشفها إلا بعد وفاته، ولحساسية هذه المعلومات رفضت "المصرى اليوم" نشرها، نظراً لخطورتها، وذكر فى مقدمة الحوار "أن الظرف السياسى لا يسمح بنشر هذه المعلومات"، وهو ما كان سبباً فى تحرك أجهزة الأمن، واستهدافه لأوراقه الخاصة، واعتقال نجله الوحيد.