كشفت منظمات ومصادر "حقوقية " عن ان عدد المدنين الذسن سحاكمون أمام القضاء العسكري خلال عام "الانقلاب الاول بلغ 3500 مدني ،من بينهم 6 حالات صدر بحقهم حكماً بالإعدام ،ونفذ الحكم في 17 من الشهر الجاري (قضية عرب شركس ). وبرغم أن المثول أمام القضاء العسكري يعد مخالفاً لما دعت إليه خارطة الطريق المزعومة والتي نصت على "على بناء دولة ديمقراطية حديثة تحترم الحقوق والحريات" ، إلا أن مصادر حقوقية أكدت أن السيسي لجأ إلى تلك المحاكمات بهدف إرهاب معارضيه، خاصة وأن أحكام المحاكمات العسكرية سريعة التنفيذ، وتفتقد إلى الكثير من الإجراءات القانونية الموجودة في القضاء المدني الطبيعي. وتعد أحدث حالات الإحالة للمحاكمات العسكرية ما صدر عن نيابة الانقلاب، السبت 24 مايو 2015، من قرار بإحالة "319 مدنيا" للمحاكمة أمام القضاء العسكري في قضيتين تتعلقان ب"ارتكاب أعمال عنف" بمحافظة بني سويف. كما أحال نائب عام الانقلاب هشام بركات كذلك 61 مواطنا ممن أسماهم ب "لجان العمليات النوعية لجماعة الإخوان المسلمين" بمحافظتي دمياط والمنوفية إلى المدعي العام العسكري؛ نفاذا لقانون تأمين وحماية المنشآت العامة والحيوية الذي أصدره السيسي منذ عدة أشهر. وزادت نسبة هذه الأحكام بعد صدور قانون "حماية المنشآت" فى 27 أكتوبر من العام الماضى، والذى يكلف القوات المسلحة بمعاونة أجهزة الشرطة والتنسيق معها لتأمين وحماية الممتلكات العامة والمنشآت الحيوية، ويُخْضِع الجرائم التى تقع عليها لاختصاص القضاء العسكرى.