تجرى الكنيسة الأرثوذكسية عملية حصر شاملة للخدام والكهنة والشمامسة في محافظات الصعيد الذين تربطهم علاقات صداقة بإنجيليين ويحملون بعضًا من الأفكار الإنجيلية الخاصة بقضايا العقيدة والإيمان لإخضاعهم لما يشبه بدورات في العقيدة الأرثوذكسية. وقرر البابا شنودة الثالث تبني مجموعة خطوات جادة لمواجهة الغزو الإنجيلي للكنائس الأرثوذكسية، عبر طبع كتابه "اللاهوت المقارن" الذي يتضمن الاختلافات العقائدية بين المذهب الأرثوذكسي والمذهب الإنجيلي، ويحوي أهم القضايا الخلافية التي تتعلق بالعقيدة والعبادة والطقوس التقاليد الكنسية بين الكنيستين الأرثوذكسية والإنجيلية . ويعتزم شنودة توزيع الكتاب على الأساقفة والكهنة في الإبراشيات، لاسيما أبراشيات الصعيد وعلى رأسها محافظتا المنيا وأسيوط التي تأثر عدد كبير من كهنتها بالفكر الإنجيلي البروتستانتي، فضلاً عن إجراء عمليات حصر للعديد من الأسر التي تعتنق هذا الفكر نتيجة زواج أحد أفرادها من أبناء الطائفة الإنجيلية أو ترددها على أسر تعتق هذا المذهب، والعمل على تصحيح أفكارها من منظور أرثوذكسي لإعادتهم إلى الكنيسة مجددًا. من جانبه، أرجع الكاتب والمفكر جمال أسعد عبد الملاك تأثر العديد من الأسر والأفراد بالفكر الإنجيلي إلى ضعف العلاقة بين الكهنة والخدام من ناحية والشعب القبطي من ناحية أخرى، موضحًا أن القيادات الكنسية منشغلة الآن بالصراع على الكرسي البابوي وأهملت الشعب ولم تعد تقدم له الخدمات الرعوية والروحية اللازمة. وأضاف عبد الملاك: "من الأولى على الكنيسة بدلاً من التحذير من الغزو الإنجيلي أن تعيد العلاقة الروحية القوية مع الشعب القبطي وترعاه . من جهة أخرى، نفى البابا شنودة ما تردد حول محاكمة الأنبا أرميا - أحد سكرتاريته - ونقله إلى إحدى كنائس المهجر بالولايات المتحدةالأمريكية، على خلفية تقرير بوجود مخالفات مالية فى مشروع مركز الثقافة القبطي. وأكد البابا - خلال العظة نصف الشهرية التى أقامها مساء أمس الأول فى كاتدرائية الأقباط الأرثوذكس بالإسكندرية - أن الأنبا أرميا "إنسان مخلص ولم يفكر لحظة فى محاكمته"، مشيراً إلى أنه "لن يصدر قراراً بنقله للخدمة فى كنائس المهجر، لأن كنائس مصر فى حاجة إلى خدماته". وأرجع البابا كثرة الهجوم على الكنيسة فى الفترة الماضية إلى "لخلافات الشخصية"، داعياً أصحاب هذه الخلافات ومن يلجئون إلى الصحف لنشرها إلى التوقف حفاظاً على الكنيسة وهيبتها، وقال: "هذا الكلام عيب"، متهما فى الوقت ذاته الصحف بالإساءة إلى سمعة وهيبة ومكانة الكنيسة. ورفض البابا زواج فتاة أرثوذكسية تبلغ من العمر 17 عاماً، من شاب بروتستانتي، وقال: «يا بنتى أولا إنتى لسة صغيرة على الحب إللى إنتى بتتكلمى عليه ده، وثانياً إنتى لما تيجى تحبى تحبى واحد بروتستانتى ليه، وخلى بالك لما تتزوجيه الكنيسة القبطية مش هتوافق على زواجكم فيها خالص، وبعدين لما تخلفوا ولاد هيبقوا أرثوذكسيين ولا بروتستانت ولا خليط من الاتثتين". وكانت قيادات من الكنيسة الإنجيلية وعلى رأسها الدكتور القس إكرام لمعي قد أكدوا اعتناق ما يزيد على مليونيّ قبطي أرثوذكسي لأفكار إنجيلية رغم أنهم يواظبون على دخول كنائسهم الأرثوذكسية، كما ترددت أنباء على اعتزام الكنيسة الأرثوذكسية توقيف بعض رجال الدين تأثروا بفكر المذهب الإنجيلي .