أثار حادث التفجير الذي وقع في منطقة الحسين، ردود فعل منددة من الحركات الإسلامية، وعبرت عن استنكارها لاستهداف المدنيين، في عمل قالت إن الإسلام لا يقره بحال من الأحوال. وأكد منتصر الزيات رئيس "جماعة المحامين الإسلاميين"، إن "الجماعة الإسلامية" وتنظيم "الجهاد" بريئان تماما من مثل هذه التفجيرات، مشددا على أنهما ملتزمان بالمراجعات الفقهية التي قاما بإصدارها، وأشار إلى أنه لم يسجل على أي منهما القيام بأي أعمال عنف منذ انطلاق مبادرة وقف العنف عام 199. وطالب الزيات بإعطاء فرصة لقيادات وشيوخ الجماعات الإسلامية لتعريف الناس بالمراجعات وشرحها لهم، عبر المساجد والمدارس والجامعات، وقال إن ذلك سيكون له نفعا كبيرا وينشر الاستقرار فى المجتمع، مؤكدا أن الحصار المفروض حاليا على نشاط شيوخ وقيادات تلك الجماعات أدى إلى حرمان الناس من الاستفادة بالمراجعات والأفكار التي وردت بكتبهم، كما طالب منح المنتمين للحركات الإسلامية حرية تكوين الأحزاب السياسية. واستبعد الزيات تورط جهات خارجية في هذا التفجير لأنه لو كانت هناك أيادي خارجية لكان هذا العمل أكثر تنظيما ونتائجه أكثر تدميرا في حين أن المرجح أن من قام بهذا التفجير هو شاب اعتنق أفكاره من على الانترنت أو من الذين تأثروا بإحداث غزة الأخيرة. وأعرب الدكتور ناجح إبراهيم القيادي البارز ب "الجماعة الإسلامية"، وصاحب مبادرتها الشهيرة لوقف العنف عن اعتقاده بأن تفجير الحسين هو عمل فردي قام به أحد الشباب الذين يستمدون ثقافتهم من على الإنترنت أو الذين استفزتهم أحداث غزة، لكنه شدد على أن القيام بمثل هذه التفجيرات لا يدخل نهائيا تحت بند الجهاد بأي صورة من الصور. وأضاف "هذا ليس جهادا، وإنما هو خراب وتدمير يلحق أضرارا كبيرة بمصالح البلاد والعباد. هذه التفجيرات حرام شرعا لا يقرها الإسلام ويرفضها تماما لأنها تلحق الأذى والإضرار الخطيرة بالإسلام والمسلمين". وتابع: "لا يجوز شرعا قتل المدنيين سواء كانوا مصريين أو من السياح، لأنهم جاءوا إلى بلادنا بموجب عقد أمان، بعد أن حصلوا على تأشيرة دخول لمصر، ولا يجوز إيذاء أي سائح أجنبي بسبب سياسات حكومة بلاده، لأنه لا يجوز مؤاخذة أحد على سياسة يمكن أن يكون غير موافق عليها"، وشدد على حرمة قتل النفس المسلمة، قائلا إنها "معصومة من القتل وحرام إزهاقها". وطالب ناجح بتدريس كتب المراجعات الفقهية التي أصدرتها "الجماعة الإسلامية"، وأعلنت فيها عدم جواز القيام بأعمال عنف في المساجد وللطلاب في المدارس والجامعات حتى يتم الاستفادة بالآراء الفقهية التي وردت بها. من جانبها، أصدرت أسرة الزمر بيانا أكدت فيه رفضها للعنف وتنديدها بالتفجير، وقال "أم الهيثم" زوجة عبود الزمر القيادي الجهادي السابق في البيان إن منفذ هذا التفجير، أو من يقف وراءه يكره الاستقرار لمصر، وطالبت بالدولة أن تعمل على معالجة مظاهر العنف في المجتمع بمنح الجماعات الإسلامية حرية العمل السياسي والنشاط السلمي الدعوى في المجتمع. وأكدت أن هذا هو الضمان الوحيد للأمن القومي المصري، وأعربت عن خشيتها من استغلال الحكومة للتفجير لشن حملات اعتقال عشوائية والزج بالأبرياء في المعتقلات، وأكدت على ضرورة إطلاق سراح المعتقلين المشتبه بهم أو الذين انتهت مدة عقوبتهم. وكان محمد مهدي عاكف المرشد العام ل "الإخوان المسلمين" أعرب عن استنكاره الشديد للتفجير الذي وقع بمنطقة الحسين، مؤكدًا في تعليق نشره موقع الجماعة على الإنترنت أن هذا العمل لا يقره دين ولا شرع ولا قانون، ويعتبره "الإخوان المسلمون" خروجًا عن أصول الإسلام الداعية للإصلاح والتغيير بالأسلوب السلمي وعبر القنوات الدستورية والقانونية. وأكد عاكف أن أي اختلاف مع النظام لا يمكن أن يكون مبررًا للقيام بأي أعمال تهز أمن مصر وتزعزع استقرار الوطن، وقال إنه لا يمكن أن يقوم بهذا الفعل الإجرامي وطني غيور على وطنه وأهله. واستبعد خبراء في شئون الحركات الإسلامية وقوف أي من المنتمين للجماعات الإسلامية وراء التفجير،أما ممدوح إسماعيل محامي الجماعات الإسلامية، فوصف هذا التفجير بأنه يتسم بالعشوائية والبدائية وهو ما يؤكد أن وراءه تنظيم معين، إلا أنه رجح أن تكون إسرائيل وأجهزة مخابراتها وراء العملية لإحداث نوع من الفوضى وعدم الاستقرار في مصر طوال السنوات الماضية. وأكد انه لا يستطيع أن ينفى أو يؤكد أي دور لإيران أو "حزب الله" في القيام بهذه الأعمال، وأنه لو ثبت صحة ضلوعهما فسيكون هذا أكبر خطأ يرتكبانه في تاريخهما، لأنه سيكون لهذا العمل عواقب وخيمة. وقال إسماعيل إن اختيار منطقة الحسين للقيام بهذا العمل هو أمر مقصود لإحداث ضجيج إعلامي وضرب السياحة وزيادة حجم الاستفزاز والاستنفار الأمني وإظهار مصر في صورة البلد الذي يعاني من عدم الاستقرار. واتفق ضياء رشوان الباحث في شئون الحركات الإسلامية بمركز الدراسات السياسية والإستراتيجية بالأهرام مع رأي سلفيه، وقال إنه لا يستبعد تورط جهات خارجية، واستبعد تماما أي صلة ل "الجماعة الإسلامية" أو "الجهاد" بهذا العمل.