أعلنت السودان رسميا رفضها المرشح المصري لجامعة الدول العربية الدكتور مصطفى الفقي بسبب قيامه بسب الرئيس السوداني عمر البشير والحزب الحاكم وأفراده و علاوة على كراهيته للإسلاميين. وشدد على كرتي وزير الخارجية السوداني على عدم وجود أزمة في العلاقات المصرية السودانية بسبب تحفظ بلاده على ترشيح الدكتور الفقي لمنصب أمين عام الجامعة العربية, وقال: إن العلاقات بين البلدين قوية ومتينة ولا يمكن أن تنفصل، مؤكدا أن بلاده لن تشارك في التصويت على منصب الأمين العام خلال الاجتماع الذي سيعقد لهذا الشأن قال: "إن شاء الله لن نذهب للتصويت". أوضح كرتي في تصريحات صحفية عقب مباحثاته مع وزير الخارجية الدكتور نبيل العربي اليوم السبت أن التحفظ على ترشيح الدكتور الفقي لا علاقة له بحكومة الثورة الحالية, مؤكدا أن هذا الموقف تم إبلاغه من قبل الحكومة السودانية للحكومة المصرية السابقة، وهو موقف شخصي ومباشر من السودان تجاه الفقي؛ نظرًا لمواقفه المختلفة تجاه السودان في النظام السابق بمصر. وطالب وزير الخارجية السوداني أن يتفهم الجانب المصري وجهة النظر بلاده على اعتباره موقفا تجاه شخص وليس تجاه مصر. وكانت صحف مصرية مستقلة قد نشرت تصريحات الفقي خلال اجتماع للمجلس المصري للشئون الخارجية، ونسبت إليه هجوما ضد نظام البشير، معتبرا إياه من أسوأ أنظمة الحكم التي حلت علي السودان، وأنه المسئول عن تقسيم السودان وانفصال الجنوب، فيما"حمد الله أن مصر وفقت أوضاعها وعلاقاتها مع الجنوب قبل انفصاله". لكن الفقي اعتبر أن هذه التصريحات أسيئ تأويلها ونقلها، واعتذر عنها للسودان، وأكد أن له مكانة خاصة في قلبه، وأنه كان وسيظل من أكثر المدافعين عنه وعن قضاياه.
