كشفت تحقيقات نيابة أمن الدولة العليا في جريمة اغتيال المستشار "هشام بركات" النائب العام الراحل أن المتهمين مرتكبي الجريمة هم من عناصر المجموعات المسلحة المتقدمة بجماعة الإخوان الارهابية بالتعاون مع أعضاء بحركة حماس الفلسطينية الجناح العسكري للجماعة الذين قاموا بتأهيل وتدريب عناصر داخل قطاع غزة ومتابعة نشاط المجموعات واختيار العناصر الشبابية ومن لهم خبرة في مجال العمل النوعي والتواصل مع قياداته بالداخل واختيار العناصر الشبابية ممن لهم خبرة في مجال العمل النوعي والمتأثرين بفض التجمهرات. حيث اضطلع قادة الجماعة بتطوير لجان العمل النوعي وتأسيس تلك المجموعات المسلحة المتقدمة لثلاثة أسباب تتمثل في استهداف رموز الدولة والاستفادة. مما اكتسبه عدد من عناصر مجموعات العمل النوعي من خبرات والتخفيف من الضغط علي مجموعات العمل النوعي القائمة. كشفت التحقيقات أن قادة جماعة الإخوان هم من وضعوا مخطط الاغتيال بالتعاون مع جهاز مخابرات حماس الفلسطينية. وأن قيادات الجماعة بالخارج كانوا يتابعون عن كثب تفاصيل الإعداد والتنفيذ للجريمة. تبين من التحقيقات التي باشرها فريق المحققين بنيابة أمن الدولة العليا أن الاغتيال جاء في إطار مخطط لإسقاط الدولة المصرية. مجموعات مسلحة متقدمة أوضحت التحقيقات أن مخططات الجماعة الإرهابية بدأت منذ نهاية 2014 من خلال التكليف الصادر إلي أحمد محمد عبدالرحمن عبدالهادي مسئول مكتب متابعة شئون الإخوان خارج البلاد بتطوير العمل النوعي وتأسيس ما يسمي بالمجموعات المسلحة المتقدمة بالتعاون مع جمال حشمت عضو مكتب إرشاد الجماعة الهارب إلي الخارج ومحمود محمد فتحي بدر من قيادات الجماعة وتحالفاتها. وقد تضمنت مخططات تلك الجماعة الاستعانة بالقيادات الميدانية الهاربة بالخارج وفي مقدمتهم الدكتور يحيي السيد إبراهيم موسي مسئول العمل الطلابي بجامعة الأزهر. وكارم السيد أحمد ابراهيم وقدري فهمي الشيخ وهم من القائمين علي العمل النوعي منذ بداية تأسيسه عقب فض تجمهر الجماعة برابعة العدوية وقيام عناصر حركة حماس بالتواصل مع قيادات العمل النوعي بالداخل وهم كل من محمد طه وهدان ومحمد كمال وصلاح الدين خالد فطين وعلي السيد بطيخ. كما تبين من التحقيقات أن قادة جماعة الإخوان أصدروا فتوي استباحوا فيها دم النائب العام مستعينين فيها بقاعدة شرعية تعرف بدفع الصائل تحت زعم أنه أصدر أوامره بفض تجمهري رابعة العدوية والنهضة ومسئوليته عمن قتل وأصيب من أعضاء جماعة الإخوان والمنتمين إليها. اعترافات المتهمين أجمع المتهمون في اعترافاتهم علي انضمامهم لجماعة أنصار بيت المقدس التي تعتنق أفكاراً تكفيرية وعدائية تقوم علي تكفير الحاكم وشرعية الخروج عليه بدعوي عدم تطبيقه الشريعة الإسلامية وتتولي تنفيذ أعمال عدائية ضد الشخصيات العامة وأفراد القوات المسلحة والشرطة والاعتداء علي منشآتهما والمنشآت العامة. وأن هذه الجماعة أمدت أعضائها بالعبوات الناسفة والأموال اللازمة لأغراض التنظيم وأنهم رصدوا مجموعة من المنشآت والتجمعات الشرطية تمهيداً لاستهدافها. فضلاً عن مشاركتهم في تنفيذ عمليات عدائية.