يمثل المجلس الملي في الكنيسة الأرثوذكسية أعلي سلطة مدنية في الكنيسة وهو عبارة عن هيئة إدارية منتخبة وأغلب اعضائها من العلمانيين ومن اصحاب المراكز العامة والمقربين من الكنيسة وفي الغالب يكونون من غير رجال الدين. المجلس لا يتدخل بأي شكل من الاشكال في الطقوس الدينية وليس له أي انتماءات أو آراء سياسية ومتخصص فقط في الإدارة المالية وخدمة الكنيسة وتوفير احتياجاتها المالية ومناقشة القضايا التي تخص الكنيسة مع المجتمع المدني مثل قانون الأحوال الشخصية لغير المسلمين أو المشاكل التي تقع في الأديرة بعيدا عن النواحي الدينية والعقائدية كما حدث قبل سنوات في دير أبوفانا في المنيا.. والمجلس هيئة عامة وعملهم مساعدة البابا في إدارة الكنيسة. يتم اختيار المجلس الملي بالانتخاب المباشر من ابناء الطائفة الارثوذكسية تحت الإشراف القضائي الكامل وآخر انتخابات أجريت للمجلس الملي العام للأقباط الأرثوذكس في عام 1995 وتقدم 50 مرشحا تم انتخاب 24 شخصا منهم يمثلون عدد المجلس الملي ويرأسه قداسة البابا شنودة ومن أبرز اعضائه الحاليين وكيل المجلس الحالي الدكتور ثروت باسيلي الذي سبق وأن تقدم باستقالته إلي البابا شنودة في احدي رحلاته للعلاج في امريكا ثم تراجع عنها ولم يعلن وقتها عن اسباب الاستقالة أو اسباب الرجوع عنها. كذلك يضم التشكيل الحالي المستشار إدوار غالي سكرتير المجلس والاعضاء منهم المستشار نبيل ميرهم رئيس مجلس الدولة السابق والمستشار منصف نجيب المحامي والدكتور ممدوح فخري والمستشار كمال شوقي والقمص صليب متي ساويرس ورجل الأعمال د. وجدي لويس. تعود نشأة المجلس الملي للأقباط الأرثوذكس في مصر إلي يناير 1874 ميلاديا عندما صدر قرار بتشكيله بأمر عال من الخديو اسماعيل. ومن أهم الذين شغلوا مقاعد المجلس الملي العام من فطاحل ومشاهير الاقباط: بطرس باشا غالي وحبيب بك المصري ود. إبراهيم المنياوي ونقيب المحامين الأسبق كامل يوسف صالح والمستشار اسكندر حنا ديمان. يماثل المجلس الملي في الأرثوذكسية لدي البرتستانت ما يعرف بمجمع السنودس. ولكن أعضاءه ليسوا بالانتخاب ويتكون من مشايخ الطائفة أو كبار القساوسة فيها ويتم اختيارهم وليس لهم تأثير كما للمجلس الملي في الأرثوذكسية.