استنكر عدد من نواب مجلس الشعب، وأعضاء هيئة التدريس بالأزهر الشريف، إصدار المجلس العسكرى قانون تنظيم الأزهر، دون عرضه على مجلس الشعب، ولما يشوبه من أخطاء برأيهم، معتبرين هذه الخطوة تحايلا على البرلمان، نظرا لحق المجلس فى مراجعة كل التشريعات. من جهته، قال د.جمال حشمت، عضو مجلس الشعب عن حزب "الحرية والعدالة"، إن البرلمان آلت إليه السلطة التشريعية، وبالتالى فهو من حقه أن يعيد النظر فى كل التشريعات التى أصدرها المجلس العسكرى. وأضاف أنه لا يجوز أن تنتخب الهيئة المعينة رئيسها، كما هو ثابت فى نص قانون الأزهر الجديد، فيجب أن تنتخب اللجنة، ثم يتم انتخاب شيخ الأزهر، معتبرا إرجاع "العسكرى" المرسوم لتاريخ سابق لعقد أولى جلسات الشعب، محاولة للتحايل والهرب من وقوعه فى مخالفة دستورية. وهو نفس ما ذهب إليه كل من أبو العز الحريرى، عضو مجلس الشعب عن تحالف "الثورة مستمرة"، وأشرف ثابت، وكيل مجلس الشعب وممثل حزب النور، اللذين رفضا إصدار القانون على هذا النحو، مؤكدين حق البرلمان فى إعادة هيكلة كل القوانين بما يراه موافقا للصالح العام، وأن قانون الأزهر سيتم طرحه خلال الجلسات المقبلة. كان المرسوم الذى أصدره المجلس العسكرى بشأن تنظيم الأزهر، قد حوى بنودا أثارت جدلا واسعا بين الأزهريين وعدد من النواب، أبرزها هو إقرار انتخاب شيخ الأزهر من قبل هيئة كبار علماء معينة باختيار الأمام الأكبر، بالإضافة إلى إصداره بتاريخ سابق على انعقاد أولى جلسات البرلمان، وهو ما أثار الشكوك حوله. ومن جهته، رفض الدكتور أسامة فتوح، الأستاذ بجامعة الأزهر، تدخل المجلس العسكرى فى قانون تنظيم الأزهر، مؤكدا عدم أحقية أى جهة فى إصدار التشريعات سوى مجلس الشعب. وأكد أن الأزهريين، بالتعاون مع وزارة الأوقاف، قدموا العديد من المقترحات لتطوير الأزهر بصفه خاصة، والمؤسسات الدينية بصفة عامة، ومنها أن تكون المساجد تابعة للأزهر وليس للأوقاف، واستغلال وقف الأزهر ليمول نفسه، بدلاً من تابعيته لميزانية الدولة، لتعود له استقلاليته بالكامل. الدكتورة بجامعة الأزهر، سمية لبن، كانت الأكثر رفضا للقانون، حيث شنت هجوما عنيفا على جميع الأطراف التى اشتركت فى صياغته قائلة: "القانون وضع مقاييس غير واضحة، وانتخاب شيخ الأزهر من قبل هيئة كبار العلماء المعينة من قبله، تعنى العودة لسيطرة السلطة الواحدة المتمثلة فى شيخ الأزهر، وهو التفاف على مطالبتنا بانتخاب شيخ الأزهر بدلا من تعيينه، فمن المؤكد أن ولاء هذه الهيئة الأول والأخير سيكون لشيخ الأزهر الذى عينها". وأضافت: "هذا المرسوم القانونى تم وضعه بالتوافق بين المجلس العسكرى وبين شيخ الأزهر ومجمع البحوث الإسلامية، لتدعيم المصالح المشتركة بينهم، فشيخ الأزهر يريد أن يوطد وجوده ويضمن بقاءه فى منصبه لأكبر فترة ممكنة، لذا فهو يدعم أى جهة أو قوانين تساعد على مد ولايته، ومن جانب آخر، المجلس العسكرى يدعم شيخ الأزهر لأنه متعاون معهم مثلما كان متعاونا مع النظام السابق، والحزب الوطنى البائد الذى كان أحد أعضائه".