كلف الدكتور شريف إسماعيل رئيس الوزراء الدكتور محمد عبد العاطى بمنصب وزير الري وذلك في أول تعديل وزاري يجريه علي وزارته عقب انتخاب البرلمان الجديد بعد الإطاحة بالمغازى. وعمل عبد العاطى رئيسًا للوفد المصري في مفاوضات سد النهضة الإثيوبي، ورئيس قطاع مياه النيل الأسبق مع انطلاق الإنشاءات الإثيوبية للمشروع عام 2011, وتم اختياره نظرًا لخبراته الدولية والإقليمية في ملف مياه النيل، حيث عمل خبيرًا دوليًا بمبادرة حوض النيل بتولي مسئولية مكتب التعاون الفني للنيل الشرقي "مصر والسودان وإثيوبيا". كما عمل عبد العاطى, رئيسًا لقطاع المشروعات في البنك الأهلي، اعتمادًا على خبراته السابقة في العمل رئيسًا لقطاع مياه النيل، وساهم خلالها في تفعيل دور البنك في تنفيذ مشروعات في دول حوض النيل، خاصة إثيوبيا، ورغم خروجه من العمل كرئيس لقطاع مياه النيل إلا أنه كان الأكثر تواصلًا ومشاركة في المنتديات العالمية للمياه، حيث كان ضمن الخبراء المعدودين المشاركين في أسبوع المياه العالمي في العاصمة السويدية "ستكهولم". جاء ذلك بعد فشل وزير الرى السابق حسام المغازى, في مفاوضات سد النهضة التى تولها منذ عام ونصف, وكانت الأزمة الأخيرة هى فشل الوزارة في التعاقد مع مكتب استشارى للتفاوض مع إثيوبيا.