ارتبطت فترة حكم جماعة الإخوان المسلمين وخاصة الرئيس المعزول محمد مرسي، بعلاقات وثيقة مع دولة قطر، باعتبارها أولى الدول الداعمة لثورات الربيع العربي التي أتت بالإخوان على رأس السلطة، وسرعان ما انتهى الأمر باعتبار تلك الدولة الخليجية عدوًا والرئيس المعزول متخابرًا معها. انقلبت العلاقات رأسًا على عقب بعد إجراءات 3 يوليو وعزل محمد مرسي، وتبنت قطر خطًا معارضًا لتلك الإجراءات من خلال قناة "الجزيرة" التي اعتبرت ذلك انقلابًا عسكريًا، وفقًا لادعائها، واستضافت قيادات الجماعة. وفي الوقت الذي تختلف فيه وجهات النظر بين النظام المصري الحالي والنظام الحاكم في قطر، هذا بخلاف الاتهامات الإعلامية بتمويل الأخيرة للعمليات الإرهابية في سيناء ضد الجيش المصري، تشارك القوات المسلحة المصرية جنبًا إلى جنب مع القوات القطرية في المناورات العسكرية "رعد الشمال" بالمملكة العربية السعودية. وبينما أجلت محكمة جنايات القاهرة أمس، محاكمة الرئيس الأسبق محمد مرسي و10 آخرين متهمين في القضية المعروفة إعلاميًا ب"التخابر مع قطر"، لجلسة 15 مارس الجاري، يحضر الرئيس عبدالفتاح السيسي بجانب الشيخ تميم بن حمد، أمير قطر، مناورات "رعد الشمال"، ما اعتبرها البعض محاولة لرأب صدع العلاقات المصرية القطرية. وأكد الخبير العسكري اللواء "محمود زاهر" أن مشاركة "السيسي" في رعد الشمال تمثل فرصة لرأب الصدع خاصة بحضور مصر وقطر، وربما أيضا يمتد الحوار لتركيا. وبحسب "زاهر"، وفقًا لتصريحاته لصحيفة "الأهرام" الحكومية، فإن مشاركة "السيسي" جاءت كرسالة تشجيع وإبداء حسن النوايا، فالسيسى ذاهب بنية للصلح، ويتبقى في المقابل ماذا سيقدم له الجانب الآخر- قطر-، من مطالب قدمتها مصر من قبل مثل التوقف عن دعم وتمويل واحتضان رموز الإخوان، وتقديم الهاربين لمصر لإخضاعهم لمحاكمات قانونية، وتوقف الحملات الإعلامية العدائية من وسائل الإعلام القطرية، وفق قوله. وسخر الإعلامي وائل قنديل، أحد المحسوبين على تيار المعارضة، مما اعتبره تناقضًا في سياسة النظام الخارجية مع دولة قطر، حيث كتب، في تغريدة له على موقع "تويتر": "مرة واحد انقلب على رئيس واتهمه بالتخابر مع قطر ثم تعاون مع قطر في مناورات عسكرية يوم محاكمة رئيسه في التخابر معها". في حين علق الناشط المصري "ناشط مش سياسي" على صورة تجمع "السيسي" بأمير قطر "تميم بن حمد" بقوله "تخابر مع قطر". ويحاكم "مرسي" في 5 قضايا، بحسب مصدر قانوني في هيئة الدفاع عنه، هي وادي النطرون (حصل على حكم أولي بالإعدام)، والتخابر الكبرى (حكم أولي بالسجن 25 عامًا)، وأحداث الاتحادية (حكم أولي بالسجن 20 عامًا)، بجانب اتهامه في قضيتي إهانة القضاء، والتخابر مع قطر.