أمر المستشار محمد شلقامى، رئيس بني سويف الكلية، بإشراف المستشار تامر الخطيب، المحامي العام لنيابات بني سويف، حبس سائق قطار الصعيد وعامل البرج 4 أيام على ذمة التحقيق بتهم إصابة 70 راكبا بطريق الخطأ وإتلاف القطار والإضرار بالمعدات والآلات. كما قررت النيابة ندب لجنة هندسية لفحص القطار، وبيان مدى سلامة أجهزته وتحديد سرعة السائق وقت وقوع الحادث وبيان تلفيات القطار والمحطة فضلا عن أمرها رفع آثار الحادث، وتسيير أعمال القطارات والاستماع إلى المصابين. وكشفت التحقيقات اتهام "محمد حسن رجب"، 50 عاما - مقيم بالمنشأة بالقاهرة عامل البرج بالتسبب في الحادث، مؤكدا أنه لم يقم بدوره وينبهه بإشارات التحويلية. فيما اتهم أحمد محمد ناصف عبد الحفيظ 30 عاما - عامل البلوك، سائق القطار بتلقي الإشارات الصفراء والحمراء، مضيفا أنه تم تحويله إلى حوش التخزين وبعد التحويلة كان يجب عليه تهدئة سرعة القطار إلى 8 كيلومترات خاصة أن المسافة بين الصدادة الحديدية 660 مترا تقريبا وهو ما لم يحدث.