شهدت الجلسة الأخيرة لمجمع البحوث الإسلامية خلافا حادا بين أعضاء المجمع والدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر حول التصريح بما يدور داخل المجمع لوسائل الإعلام. ولام الطيب، جميع الأعضاء، وقال لهم إن ما يحدث داخل المجمع أمر سرى ولا يجوز البوح به لوسائل الإعلام من أجل الشهرة والظهور إلا أن بعض الأعضاء لم يعجبه الأمر وقرر التصريح بما دار داخل الجلسة لأحد المواقع الإلكترونية ضاربا بقرارات "الطيب" عرض الحائط. كان الشيخ على عبد الباقى، الأمين العام لمجمع البحوث، قد رفض الإدلاء بأى معلومات عن قرارات المجمع لأن هناك تعليمات بذلك إلا فى حالة وجود بيان عام. فى حين جاءت تفاصيل الجلسة على أحد المواقع بشأن قرار المجمع بتحرير مذكرة إلى وزير الإعلام ضد ما بثته قناة الكرامة المسيحية التى تبث على القمر الصناعى المصرى نايل سات، ومقرها ولاية كاليفورنيا من أمريكا، من إساءات للإسلام، حيث إن القناة خصصت برنامجًا يبث على مدار ساعات بعنوان "ما وراء الأحداث" للهجوم العنيف على الإسلام وسب الرسول الكريم صلى الله عليه وسلم والتهكم على شرائع الإسلام. وأعرب علماء المجمع عن استيائهم الشديد من تلك الإساءات، مطالبين بوقف بث تلك القناة لما تحتويه من طائفية قد تشعل الأوضاع فى مصر. وطالب المجمع أن يكون هناك سقف بين القنوات الفضائية يحكمه ميثاق شرف بحيث لا تمس الشرائع والأديان، كما قرر المجمع أن يرد علماء الأزهر على تلك الافتراءات من خلال وسائل الإعلام لحين إطلاق قناة الأزهر قريبا. كما ناقش المجمع طلبا لجعل مادة الدين مادة تضاف للمجموع فى التربية والتعليم، وقد رأى المجمع أن تكون مادة الدين مادة أصيلة فيها نجاح ورسوب، وشدد المجمع على ضرورة أن يختار لتدريس هذه المادة متخصصين أكفاء وأن تعتنى المدارس جيدا بهذه المادة وألا تحولها إلى حصة قواعد أو شىء آخر فى حين رفض المجمع إبداء رأى حول إضافتها للمجموع. كما قرر المجمع ترشيح الدكتور أحمد عمر هاشم ،عضو المجمع ورئيس جامعة الأزهر السابق، إلى جائزة الملك فيصل لخدمة الإسلام، حيث إن المرشح له أكثر من 100 مؤلف من بينها شرح صحيح البخارى فى 15 مجلدا وموسوعة للأحاديث النبوية الشريفة مع شرحها فى أربعة مجلدات، وشرح صحيح مسلم فى 6 مجلدات وغيرها.
