بملامحه المتجهمة وشاربه الكث، ونظارته السوداء، وألفاظه الفجة، وأحكامه الصادمة يطل المستشار محمد ناجي شحاتة من أعلى منصة القضاء، بأحكام الإعدامات المتتالية حتى عرف ب "قاضي الإعدامات". ارتبط اسمه بالقضايا الشائكة، والمرتبطة بالعناصر المعروفة بمعارضتها للنظام الحالي سواء أكانت قوى ثورية أو من "الإخوان المسلمين"، ودائمًا ما يتم انتدابه ليرأس دائرة جنايات القاهرة الكبرى المختصة بنظر قضايا الإرهاب في القاهرة والجيزة والقليوبية. كان آخر القضايا التي نظرها شحاتة وأثارت جدلاً واسعًا، هي القضية المعروفة إعلاميًا ب "غرفة عمليات رابعة"، والتي قضى فيها معاقبة الدكتور محمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين، و13 آخرين بالإعدام. كان الحكم متوقعا على الرغم من هوله، فلم يكن هذا الحكم إلا حلقة واحدة من سلسلة حلقات الإعدامات التي أطلقها شحاتة. قضية أخرى أثارت الجدل والأقاويل بعد الحكم على الناشط السياسي أحمد دومة و230 متهما آخرين بالمؤبد في أحداث مجلس الوزراء وتغريمهم 17 مليون جنيه، فرد دومة ساخرا بالتصفيق قائلا"أنا مبسوط بالحكم"، فاستشاط شحاتة غضبًا مهددًا إياه بالحبس ثلاث سنوات أخرى، خاصة بعدما استفزه بكلمة "هو أنت عندك أكونت على الفيس بوك". "أحداث مسجد الاستقامة" قضية أخرى أحال فيها شحاتة سبعة من قيادات جماعة الإخوان للمفتي، كما كانت لأحكام الإعدام بالجملة في "مذبحة كرداسة" بالإعدام الغيابي على 34 متهمًا و147 حكما بالإعدام حضوريًا. لم يقتصر الجدل على أحكامه، بل أيضًا تصريحاته التليفزيونية والحوارات الصحفية التي يدلي بها عقب أحكامه، والتي اتضح من خلالها ميوله لنظام الرئيس عبدالفتاح السيسي، فكانت إحدى كلماته "لا أزاول السياسة وليست لي علاقة بما يسمي البرادعي أو حمزاوي ولكني كمواطن مصري أميل للسيسي". وفي كلمة أخرى ظهرت سياسته العدائية لجماعة الإخوان المسلمين: "لا مصالحة مع عصابة الشر، ذوي اللحى التي تخفي وراءها القتلة والهاربين من السجون والجواسيس، وكفى نفاقا يا من تتمسحون بالشرعية". جعلت كواليس القضايا التي يحكم فيها شحاتة والتصريحات الإعلامية التي يدلي بها منه مادة خصبة للسخرية منه، فقال الإعلامي معتز مطر، من خلال حسابه على فيس بوك، أن ناجي شحاتة صاحب نصف أحكام الإعدام في مصر، واصفا حساب القاضي الشخصي بما كان يشتمل عليه من صور منافية للآداب ب"مهلبية بالمكسرات". كما أثار أداءه سخرية الكاتب بلال فضل فقال ساخرا" لن يكون، من حق الرقابة أن تتهم عملاً فنيًا بالحط من قدر القضاة، إذا أظهر العمل قاضيًا يقوم بالتطجين، وهو يتحدث مع الدفاع، أو وهو يصدر للمتهم صوتًا حلقيًا منغمًا، ويستخدم في حواره معه عبارات رقيقة الحاشية من نوعية البلد قرفت منك ومن أشكالك". هذه الكلمات التي قالها شحاتة للأستاذ الجامعي أحمد الصروي عندما سأله عن السبب وراء اعتقاله، فقال له "عشان البلد قرفت منك ومن أشكالك".
