نفت مشيخة الأزهر ما تداولته بعض وسائل الإعلام وجود خلاف مع وزارة الأوقاف ترتب على أثره استبعاد الدكتور محمد مختار جمعة وزير الأوقاف من عضوية المكتب الفني للأزهر، قائلة إن هذه الأخبار بأنها عارية تمامًا عن الصحة، مشيرة إلى التعاون الذي يربط بين الجانبين. واستبعد الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر، وزير الأوقاف من التشكيل الجديد للمكتب الفني لمشيخة الأزهر، والذي ضم كلًا من الدكتور عباس شومان وكيل الأزهر رئيسًا، والدكتور شوقي علام مفتى الجمهورية عضوًا، والدكتور عبدالحي عزب رئيس جامعة الأزهر عضوًا، والدكتور محيي الدين عفيفي أحمد أمين مجمع البحوث الإسلامية عضوًا، والدكتور محمد عبد الصمد مهنا المشرف على أروقة الجامع الأزهر عضوًا، والمستشار محمد محمود عبد السلام مستشار شيخ الأزهر للشئون التشريعية والقانونية عضوًا. وأوضحت مشيخة الأزهر في بيان أن "السبب في استبدال الدكتور محيي عفيفي أمين عام مجمع البحوث الإسلامية بالدكتور محمد مختار جمعه لعضوية المكتب الفني، هو أن الدكتور محمد مختار كان يشغل سابقًا منصب عضو المكتب الفني لشؤون الدعوة، في الوقت الذي لم يكن قد تم فيه تعيين أمين عام لمجمع البحوث الإسلامية، والآن وبوجود دكتور محيي الدين عفيفي، في منصب الأمين العام لمجمع البحوث الإسلامية، أصبح هو المختص بشؤون الدعوة والوعظ". وأكد البيان أن "قرار إعادة تشكيل المكتب الفني قد صدر منذ فترة، وليس بالأمس، كما أعلنت وسائل الإعلام". وبخصوص ما تم تداوله من استبعاد الدكتور حسن الشافعي من رئاسة المكتب الفني، أوضح أن "الدكتور حسن الشافعي كان قد قدم اعتذارًا عن رئاسة المكتب الفني منذ توليه رئاسة مجمع اللغة العربية منذ فترة طويلة بسبب الانشغال ورغبته في التفرغ لأعمال المجمع". وقالت مشيخة الأزهر إنها تهيب بوسائل الإعلام تحري الدقة والأمانة المهنية، وعدم السعي وراء الإثارة على حساب المادة الإعلامية المقدمة، "فالوطن في حاجة منا جميعاً للاصطفاف الوطني وتوحيد الجبهة والكلمة، والدولة في أمس الحاجة لاستقرار مؤسسات الوطن، وليس العمل على زعزعتها وخلق الفوضى فيها". وشددت على أن "مصر لا تستحق منا أبدًا إشعال معارك إعلامية وهمية لن يستفيد منها أحد"، مذكرة الجميع بقوله تعالى: (فَأَمَّا الزَّبَدُ فَيَذْهَبُ جُفَاءً وَأَمَّا مَا يَنْفَعُ النَّاسَ فَيَمْكُثُ فِي الْأَرْضِ).