تعددت شكاوى طلاب الثانوية العامة بمرحلتيها الأولى والثانية منذ بداية الامتحانات بسبب صعوبة الأسئلة وطولها. وشكا طلاب المرحلة الأولى لليوم الثالث على التوالي من صعوبة الامتحانات، في الوقت الذي شكا فيه طلاب المرحلة الثانية من صعوبة أسئلة مادة التفاضل والتكامل ، التي أكدوا أن بعضها جاء من كتاب الدليل الذي لم يتسلموه أصلاًً في أثناء العام الدراسي. وشكا الطلاب من أن الامتحانات حتى الآن لم تكن في مستوى الطالب المتوسط، مؤكدين أنه رغم وضع الأسئلة من الكتاب المدرسي إلا أن واضعيها لم يراعوا مخاطبة المستويات المختلفة للطلاب. من جانبها، اعترفت وزارة التربية والتعليم بعدم وصول دليل الامتحانات الذي جاءت منه أسئلة الامتحانات لبعض المدارس، وأكد محمد الكرارتي المشرف على كنترول الثانوية العامة أنه سيراعى أثناء عملية التصحيح شكاوى الطلاب من الأسئلة. ونفى السيد أحمد عبد المعطي, وكيل أول الوزارة ورئيس عام امتحانات الثانوية العامة أن تكون الامتحانات صعبة، مؤكدا أنها جاءت في مجملها في مستوى الطالب المتوسط. وأشار إلى أن تصحيح العينة العشوائية سيظهر حقيقة شكاوى هؤلاء الطلاب، وأن جميع التقارير الواردة من المحافظات تؤكد خلو الأسئلة من التعقيد والأخطاء. وعلى صعيد متصل ، قام الطالب أحمد محمود على بلجنة الوفاق الإعدادية بمحافظة قنا بتمزيق ورقة الإجابة في مادة التفاضل والتكامل.