علقت صحيفة "نيويورك تايمز" الأمريكية، على قرار الحكومة المصرية بتعيين الدكتورة فايزة أبو النجا، مستشارا للأمن القومي في مصر، معتبرة القرار بمثابة تجاهل من الحكومة المصرية لعلاقاتها بنظيرتها الأمريكية، بعد أن تسببت أبو النجا في أكبر الأزمات في العلاقات بين البلدين عقب ثورة يناير. ونقلت الصحيفة عن محللين قولهم: إن تولي أبو النجا مهمة الأمن القومي يعتبر تجاهلا واضحا من الحكومة المصرية لحرصها على العلاقات مع أمريكا، حيث قال مايكل وحيد حنا – الباحث بمؤسسة القرن الأمريكية – إن اختيارها يعتبر صفعة علنية على وجه الولاياتالمتحدةالأمريكية واصفا ابوالنجا بانها بعبع أمريكا وتابع: أن القرار يعتبر خطوة عدائية في علاقة الحكومة بمنظمات المجتمع المدني، متوقعا أن يتم إحباط كل نشاطات المنظمات المدنية وربما إغلاقها خلال شهر بحسب ماذكرت وكالة "أونا". كانت أبو النجا قادت هجوما على جماعات حقوقية تابعة للكونجرس الأمريكي في مصر وهي "المعهد الجمهوري الدولي"، "المعهد الديمقراطي الوطني"، ومنظمة "فريدوم هاوس"، واتهمتها بالعمل على زعزعة الاستقرار المصري، وهو ما تسبب في أزمة بالعلاقات المصرية الأمريكية بعدما اضطر نجل سكرتير مجلس الوزراء الأمريكي الاختباء بالسفارة الأمريكية لأسابيع؛ خوفا من الاعتقال، وداهمت قوات الشرطة المصرية مكاتب تلك الشركات وصادرت أجهزة الحاسب الآلي والوثائق الموجودة بها كما حظرت سفر موظفيها.