عيسى رئيس تحرير جريدة التحرير فى قضية إعادة محاكمة الرئيس الأسبق حسني مبارك، ونجليه علاء وجمال، ووزير الداخلية الأسبق حبيب العادلي، و6 من كبار مساعديه، ورجل الأعمال الهارب حسين سالم. وسألت المحكمة عيسى عن إمكانيته فى استنتاج الطرف الثالث الذى أشعل الصراع داخل المجتمع المصرى، فقال عيسى إنها تلك الجماعة العصابية السرية التى سعت لإسقاط الوطن، وأكد أن الوطن عانى من الأطراف الثلاثة، حكومة لم تكن تراعى مصالح شعبها وتستجيب لمطالبه، وشعب لم يكن يملك من اليقظة لاكتشاف الطرف الثالث، وطرف ثالث انكشف وانفضح، وقال عيسى إن الصراع لم يكن بين مصريين على المطلق، ولكن كان بين مصريين وخونة يريدون إسقاط الدولة. وأكد عيسى, وسطية وسماحة بلادنا، وأن التيار الليبرالى فى مصر لم يتشكل بالقوة الكافية، كما أن تيار الإسلام السياسى لا يمكن أن تمثله تلك العصابة المسلحة، ولا حتى المتشددين، لأن مصر كلها تنتمى إلى الإسلام الوسطى المعتدل. وقال عيسى, إن ثورة الشعب الذى أكد بما لا يدع مجالاً للأعمى إلا أن يبصر هذا الحب، لا يمكن إن يكون مسيراً من جهة أو دولة أو هيئة أو منظمة، بل هى الوطنية الخالصة والمصرية التى تضرب بجذورها فى أعماق التاريخ.