استنكرت جماعة "الإخوان المسلمين" الهجوم على كنيسة القديسين بالإسكندرية، مشددة على أن هذه الجريمة لا يقرها شرع ولا دين ولا خلق، مؤكدة أن الإسلام يؤكد حفظ حرمة الدماء والأموال والأعراض، وحفظ حقوق غير المسلمين. وقالت في بيان إن الإسلام يعتبر الاعتداء على غير المسلمين بمثابة اعتداء على المسلمين، ويدين ويجرم ويعاقب مرتكبيها أيًا كانوا بأشد أنواع العقاب، مستشهدة بالآية الكريمة (أَنَّهُ مَنْ قَتَلَ نَفْساً بِغَيْرِ نَفْسٍ أَوْ فَسَادٍ فِي الْأَرْضِ فَكَأَنَّمَا قَتَلَ النَّاسَ جَمِيعاً وَمَنْ أَحْيَاهَا فَكَأَنَّمَا أَحْيَا النَّاسَ جَمِيعاً). واعتبرت الجريمة تحمل تطورا نوعيا، وجاءت فى سياق مريب يستهدف مع حرمة وأمن الوطن تمزيق نسيجه الاجتماعي والترابط الذي يجمع كل أبناء هذا الوطن على اختلاف أديانهم على مر القرون، وزرع الفتنة فى أرجاء البلاد. وأشارت إلى أن هذا الأمر يستوجب التيقظ للمؤامرات التي تحاك لوطننا العزيز، وتفرض على جهات التحقيق النظر فى كل المجالات والاحتمالات والبحث عن الجهات صاحبة المصلحة فى إثارة العداوة بين أبناء الوطن الواحد. وأكد الدكتور عبد الرحمن البر عضو مكتب الإرشاد أن هذه الجريمة نالت من المسجد والكنيسة المتجاورين ومن المسلمين والمسيحيين الذين تواجدوا في المنطقة لتشير إلى أن ثمة أيادي مجرمة تريد الإفساد في الأرض والعبث بوحدة هذا الوطن وسلامه". وقال إنه "ربما كان اختيارها للمكان والزمان مؤشرا على هذه الخطة الخبيثة، بحيث ينظر المسيحيون للأمر باعتباره موجهًا إليهم إذا أصيبت فيه الكنيسة وروادها، ويقع في قلوب المسلمين أنهم المقصودون إذا أصيب المسجد، ويكون ذلك مبررا – لا سمح الله - لانفجار عنف طائفي يهلك البلاد والعباد. وهذا ما ينبغي على العقلاء التنبه له والتحذير منه والتأكيد على رفضه بكل قوة". وطالب البر الأجهزة المعنية بأمن هذا الوطن بالسرعة والدقة والشفافية والوضوح في كشف ملابسات هذه الجريمة النكراء، وبالحسم في معاقبة المجرمين الحقيقيين الذين وقفوا وراءها أيا ما كان دينهم أو موقعهم؛ حماية لوحدة الأمة ودرءا لمخاطر الفتنة.