قال المفكر القبطي، رفيق حبيب، الذي شغل لفترة منصب نائب رئيس حزب "الحرية والعدالة"، الجناح السياسي لجماعة الإخوان المسلمين، إن ما وصفه ب"الانقلاب" ضد حكم الرئيس المعزول، محمد مرسي، يستهدف ما اعتبرها "هوية إسلامية" منددا بما قال إنها "عمليات علمنة وتغريب" تشن في مصر. وقال حبيب، في دراسة مطولة نشرها عبر صفحته بموقع "فيسبوك" التي يتابعها قرابة مائة ألف شخص، تحت عنوان "مصر عند الهاوية" أورد موقع "الحرية والعدالة" مقتطفات منها إن ما وصفه ب"الانقلاب العسكري" استهدف "ثورة 25 يناير وهوية الدولة المصرية معًا،" ما "غيّر مسار الثورة، وجعله يرتبط بالدفاع عن الثورة والهوية معًا." وتساءل حبيب: "هل أصبحت الثورة للدفاع عن الهوية الإسلامية؟" وأجاب "هذه هي المسألة، فالانقلاب العسكري، جعل مسار الثورة، هو الذي يحسم مسألة الهوية، بعد أن كان المسار الديمقراطي هو الذي سوف يحسم مسألة الهوية، فأصبحت مسألة الهوية تحسم، بقدر ما تحسم مسألة الثورة والحرية، فعندما تنتصر الثورة، تنتصر الحرية." واعتبر أن "ربط العداء للثورة مع العداء للهوية الإسلامية، وربط الكتل المعادية للثورة، مع الكتل المعادية للهوية الإسلامية، جعل انتصار الثورة، مرتبط بحسم قضية الهوية الإسلامية" مضيفا: "الانقلاب العسكري استند على تحالف بين الكتل الرافضة للثورة، وتلك الرافضة للهوية الإسلامية، فأصبح في مواجهة الكتل المؤيدة للثورة والهوية الإسلامية." ورأى المفكر القبطي أن قوى التيار الإسلامي تعرضت لما وصفها ب"عملية الإقصاء الدموي" ما دل على أن "سلطة الانقلاب تستهدف إقصاء المشروع الإسلامي، ليس فقط من السلطة، بل من المجال السياسي برمته،" وأضاف: "ولأن استهداف الهوية الإسلامية من قبل سلطة الانقلاب، أمر ينطوي على مخاطرة كبيرة، لذا تحاول سلطة الانقلاب، تغيير دور الدين في المجتمع وفي السياسة، دون أن تبدو في معركة مباشرة مع الدين." وقال حبيب إن ما وصفها ب"الحملة الإعلامية للانقلاب العسكري،" أدت إلى تراجع في تأييد المشروع الإسلامي، ولكنه تراجع حاد مؤقت، وليس تراجعا راسخا ومستمرا، معتبرا أن القوى التي قامت بعزل الرئيس محمد مرسي بالمقابل تعيش في "مرحلة انكسار مؤقتة وشديدة في الوقت نفسه، ما يجعل الانقلاب العسكري، يصعد سريعا، ثم يهبط بعد ذلك، لأن مساره عكس مسار الثورة والإحياء الديني" على حد قوله.