هدد تنظيم الجهاد الإسلامي والسلفية الجهادية بإعلان الثورة الإسلامية وإقامة الخلافة إذا استمرت القوات المسلحة فى اضطهاد الملتحين والتعدي على المصلين، وقال محمد أبو سمرة، الأمين العام للحزب الإسلامي، الذراع السياسية للتنظيم، إن أبناء التيار الجهادي لن يشاركوا فى أى فعالية تنظمها جماعة الإخوان المسلمين وحزبها "الحرية والعدالة"، لافتًا إلى أن أهدافهم لا تتفق مع أهداف الإخوان، ولكن ما يثير غضبنا هو لجوء قوات الجيش والشرطة للتعدي على المصلين. وقال أبو سمرة فى تصريحات خاصة إلى"المصريون"، نختلف مع الإخوان وحلفائهم فنحن لا ندافع عن الإخوان أو مرسى، ولكننا ندافع عن الإسلام أولاً وأخيراً، فهم يؤمنون بالديمقراطية والانتخابات ونحن لا نعترف بالقوانين الوضعية الكفرية التي تقرها الديمقراطية ولا نعترف بغير القرآن والسنة دستور لنا، مضيفًا سنقوم بثورة لإقامة الدولة الإسلامية فى حالة تمادت الجهات الأمنية فى ملاحقة الملتحين والتعدي على المصلين. وأكد القيادى بالسلفية الجهادية, أنه من الخطأ الشرعي النزول للدفاع عن نظام يدعى أنه نظام إسلامي ولا يحتكم للشرائع والأحكام المنصوص عليها فى القرآن والسنة، مشددة على أن فشل الإخوان ستتحمله الحركة الإسلامية كلها، مضيفاً أنهم عازمون على تشكيل مجلس انتقالي إسلامي وإعلان مصر إمارة إسلامية، مشددًا على أنهم عازمون على مواجهة العنف بالعنف حتى لا تتمكن المعارضة المدنية العلمانية من حكم البلاد. وأكد مرجان سالم، القيادى الجهادي، أن الإسلاميين قادرون على حماية أنفسهم، والدولة من الداخل ضد أي أخطار، ولن نستخدم العنف إلا كرد فعل إذا استُخدم عنف، مضيفاً أن تحركاتهم حاليًا تقتصر فى الدفاع عن النفس. وشدد على أن التيار الجهادي لا علاقة له بالتفجيرات التي وقعت مؤخرًا فى سيناء والعريش معتبرًا إياها فبركة من قوات الأمن لملاحقة أبناء ومشايخ سيناء. وعن حركة تمرد قال سالم، إنها مكونة من مجموعة من أتباع أحمد شفيق وبعض الشيوعيين وفلول مبارك وتسعى للتخريب وإسقاط الدولة المصرية، مشيرًا إلى أن التيار السلفي الجهادي لا يعترف بها ولا يعترف بشرعية مرسى، لأنه لا يحكم بما أنزل الله ولا فرق بينه وبين الرؤساء العلمانيين. وتابع: معظم التيار السلفي الجهادي لا يشعر بالقلق من سقوط الإخوان لأنهم لا يعتقدون أن مصر بها دولة إسلامية أو دولة قانون، والأفضل لي كمسلم أن أعيش فى جنوب إفريقيا مثلاً، لأن بها دولة قانون لكن الإخوان لم يقيموا دولة قانون ولا دولة الإسلام، مشيرًا إلى أن الإسلاميين الذي يدعمون مرسى، غير مستوعبين لفكرة الديمقراطية وأنه لو خاض الانتخابات المقبلة فسيسقط بجدارة لأنه ليس خليفة المؤمنين.