اشتعلت الخلافات بين العديد من الوزراء في حكومة الدكتور نظيف حول عدد من القضايا واختصاصات الوزارات، في إطار الصراع المشتعل بين الوزراء على اختصاصات وزاراتهم، بسبب عدم تحديد القرار الجمهوري الخاص بتشكيل الوزارات بشكل قاطع لاختصاصات كل وزارة، ولرغبة كل وزير في توسيع دائرة صلاحيته وبقوة داخل مجلس الوزراء. وتفجرت أولى الخلافات بين وزيري النقل والاستثمار، بسبب صراع كل منهما على تبعية عدد من الشركات لوزارته، عندما أبدى محمد منصور استياء شديدًا من رغبة محمود محيي الدين نقل تبعية شركات النقل النهري والبحري وهيئة الطرق والكباري والعديد من الشركات التابعة لوزارة النقل إلى وزارة الاستثمار، في إطار السعي لخصخصتها. ولم تقف خلافات منصور عند هذا الحد إذ اشتعل الصراع بينه وبين الدكتور عثمان محمد عثمان وزير التخطيط والتنمية المحلية على خلفية سعي منصور إلى تحديد الأراضي التابعة لهيئة السكك الحديد في المحافظات التي قدرتها تقارير رسمية بأكثر من 90 مليون متر مربع، من أجل الحصول على دخل إضافي وإيراد جديد لاستخدامه في خطط إصلاح وهيكلة السكك. وهو ما يرفضه وزير الإدارة المحلية في ظل تشابك المصالح بين الطرفين والمطالبة بدخول مفاوضات لتحديد اختصاصات وملكية كل جهة لهذه الأراضي تنهي المنازعات القضائية بين هيئة السكك الحديد والإدارات المحلية على خلفية استيلاء المحافظات على أراضي تدعى الهيئة ملكيتها لها. وعلى جبهة أخرى، لا تزال الخلافات مشتعلة بين المهندس أحمد المغربي وزير الإسكان والمرافق والدكتور محمود أبو زيد وزير الري على خلفية مشروع تطوير كورنيش النيل الذي يحاول الأول أحياءه برغم المعارضة الشديدة من قبل أبو زيد الذي حذر من خطورة هذا المشروع على مجرى النيل وإمكانية تسببه في هزات أرضية تضر بمستقبل الكباري والقناطر الموجودة في طول مصر وعرضها. وفي حين يؤكد الدكتور مصطفى كامل السيد أستاذ النظم السياسية أن هناك صراعاً داخل الوزارة على النفوذ والصلاحيات وسعى كل وزير لزيادة صلاحيته باعتبار ذلك من مكملات "البرستيج"، فقد أرجع سبب هذه الخلافات إلى ضم ودمج العديد من الوزارات، فضلاً عن أن القرار الجمهوري لم يحدد اختصاصات كل وزارة لذا فحددت هذه الاختلافات وتزايدها في المرحلة القادمة أمر متوقع. ونبه الدكتور مصطفى إلى عدم وجود خبرة سياسية لدى الوزراء وافتقارهم للحس السياسي نتيجة وجود كم كبير من رجال الأعمال لا يدرك حتى الآن اختصاصاته سبب حدوث هذه الخلافات.