أوصى مجلس استشاري أكاديمي الحكومة الألمانية بإقامة مراكز للدراسات الإسلامية في جامعتين أو ثلاث من جامعات من أجل تعليم الباحثين والمدرسين والدعاة المسلمين في البلاد. وقال مجلس "العلوم الطبيعية والعلوم الإنسانية": إنّ غياب مثل هذه المعاهد في الجامعات التي تدرس بالفعل العلوم الدينية النصرانية واليهودية "ليس منصفًا بالنسبة لأهمية أصحاب أكبر ديانة غير النصرانية في ألمانيا". وأضاف المجلس: "على المؤسسات الإسلامية أن تنضم إلى المجالس الاستشارية من أجل إنشاء معاهد إسلامية واختيار أعضاء هيئة التدريس"، مشيرًا إلى أنّ من الواجب أن تمثل جميع الآراء المسلمة في ألمانيا. وردًّا على توصية المجلس قالت وزيرة التعليم أنيت شخافان: "بالنسبة لي فهذا جزء من سياسة دمج حديثة.. السؤال الرئيسي سيكون من سيكون الشريك في تطوير هذا". ومنذ هجمات 11 سبتمبر على الولاياتالمتحدة سعت عدة دول أوروبية إلى إيجاد سبل لتعليم الأئمة المسلمين والمدرسين في أوروبا بدلاً من استقدامهم من الدول الإسلامية بما قد لا يجعلهم متماشين مع المجتمعات الغربية الحديثة. وصمّمت فرنسا دورة تدريب للأئمة في باريس يديرها بصورة مشتركة المسجد الكبير والمعهد الكاثوليكي. وجاء ذلك بعدما رفضت جامعة "السوربون" الانضمام للدورة بدعوى أنّ ذلك قد يخالف مبدأ الفصل بين الدولة والكنيسة. وتوجد مدارس خاصة في عدة دول لكن التقرير الألماني نصح بعدم اللجوء إلى هذا الخيار قائلًا: إنّ الدراسات الإسلامية لا بدّ أن تكون ضمن نظام جامعي لضمان مطابقتها للمعايير الأكاديمية وفقًا للدراسات الدينية الخاصة بالأديان الأخرى". وأفاد التقرير بأنّ ألمانيا التي فيها نحو أربعة ملايين مسلم لديها نحو 700 ألف تلميذ مسلم وستحتاج إلى 2000 معلم في حال ما إذا عرضت جميع الولايات عليهم تعليمًا دينيًا. وهناك عدد قليل من الولايات التي تقدم تعليمًا دينيًا إسلاميًا. وكثيرًا ما يكون المعلمون من تركيا. وتقدّم كثير من الجامعات الألمانية جزءًا عن الإسلام في دورات التاريخ أو الدراسات الشرق أوسطية ولكن لا يوجد منها من يقدم الإسلام كدين أو من يقدم الشريعة ضمن المناهج الدراسية على غرار كليات الأديان النصرانية في تلك الجامعات والجامعة الألمانية الوحيدة التي تُعِدّ مدرسين مسلمين تقع في مونشتر ولكن كثيرًا من المؤسسات الإسلامية انتقدتها بسبب أستاذ جامعي ألماني اعتنق الإسلام وشكك في وجود النبي محمد. ولفت التقرير إلى أن المجالس الاستشارية التي هدفها مساعدة الجامعات على تطوير دراسات إسلامية لا بدّ أن تتألف من ممثلين للمؤسسات الدينية الرئيسية.