رفض عدد من أعضاء الشورى والأزهر، مقترح اللجنة التشريعية بتشكيل لجنة للفتوى والاجتهاد الفقهي بالمجلس، مشيرين إلى أن اللجنة ستتهم بانتمائها لفصيل سياسيى بعينه، كما أن الفتوى الشرعية والفقهية لها مكانها الذى يمكن الرجوع إليه. وأوضح عمرو فاروق القيادى، بحزب الوسط وعضو اللجنة التشريعية بالشورى، أن اختصاصات تشكيل لجنة الفتوى والاجتهاد الفقهى تتمثل فى دراسة مطابقة القوانين للشريعة، معتبرًا أن الأصلح هو استمرار مجلس الشورى فيما هو عليه الآن طبقًا للدستور، وإذا حدث خلاف حول موضوعات معينة تحال إلى المحكمة الدستورية العليا ومنها إلى هيئة الأزهر الشريف. وتساءل: "ماذا نفعل إذا كانت هذه اللجنة المختصة بالفتوى فى مجلس الشورى تنتمى لحزب سياسى معين؟"، مشيرًا إلى أنها ستثير جدلاً واسعًا بين الأعضاء، وسيتهمون قراراتها بالتوجه لخدمة مصلحة حزب أو فصيل سياسى معين. ورفض الدكتور أسامة سليمان من علماء الأزهر الشريف، الخلط بين الشأن السياسي والديني، قائلا: "نحن نؤسس لدولة المؤسسات لكل جهة فيها اختصاصاتها ودورها المنوط بها وفقا للقانون والدستور"، مشيرًا إلى أنَّ الشورى يختص بالأمور السياسية والقانونية، أما الأزهر فيختص بما هو فقهى أو شرعى. من جهته، أوضح أسامة فكرى، عضو اللجنة التشريعية بمجلس الشورى، أن لجنة الفتوى والاجتهاد الفقهي بالمجلس تختص فقط بمراجعة القوانين، التى انتهت منها اللجان النوعية للمجلس قبل طرحها على الجلسة العامة من الناحية الشرعية، على أن تعيد مشروع القانون للجنة المختصة حال وجود عوار به، لافتا إلى أن تشكيل تلك اللجنة يرجع إلى المجلس باعتباره المسئول الوحيد عن تنفيذ القرار أو عدم تنفيذه بعد دراسته من الناحية الدستورية. وأشار إلى أن اللجنة ستطرح العديد من التساؤلات للنقاش حول تشكيل اللجنة ودورها وهل سيكون أعضاؤها ممثلين للأزهر أم مستقلين عنه، وهل رأى اللجنة سيكون استشاريًا أم ملزمًا.