بدد قرار محكمة النقض العسكرية رفض الطعن المقدم من المهندس خيرت الشاطر النائب الثاني لمرشد "الإخوان المسلمين" و17 من قيادات الجماعة ضد الأحكام الصادرة بحبسهم لمدد تراوحت بين 3 و10 سنوات، التكهنات التي رجحت الدخول في هدنة ومرحلة من الهدوء بين النظام والجماعة خلال الفترة القادمة، عقب الإفراج عن عضوي مكتب الإرشاد الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح والدكتور أسامة نصر و25 آخرين من قيادات الجماعة الذين تم اعتقالهم على ذمة قضية التنظيم الدولي. وكانت المحكمة العسكرية العليا أصدرت أحكاما بالسجن بمدد متفاوتة على 39 من قيادات الإخوان على رأسهم المهندس خيرت الشاطر نائب مرشد الإخوان في 15 إبريل عام 2008، وكانت أقسى عقوبة ومدتها 10 سنوات ضد يوسف ندا مفوض العلاقات الدولية بجماعة الإخوان ومعه 4 من قيادات الإخوان المقيمين خارج مصر والذين تم محاكمتهم غيابيا، في حين تم الحكم بالسجن 7 سنوات على الشاطر ورجل الأعمال حسن مالك. وقوبل رفض الطعن بتنديد من قيادات الجماعة، فيما عبر بعضهم عن رفضهم للخطوة باعتبارها تعطي الشرعية للأحكام الصادرة من المحكمة العسكرية العليا، حيث يرون أنه لا شرعية لتلك الأحكام الصادرة من قبل محكمة استثنائية يخضع قضاتها لتبعية السلطة التنفيذية. ففي حين قال الدكتور رشاد البيومي عضو مكتب الإرشاد، إن هذا الأمر لا يستحق التعليق عليه، رأى الدكتور عصام العريان مسئول القسم السياسي بالجماعة، أن الإخوان بلجوئهم لمحكمة النقض العسكرية أعطوا النظام فرصة ليجمل وجهه وليصحح خطأه الجسيم بإحالة المدنيين للقضاء العسكري إلا أنه كعادته يفشل في ذلك. من جهته، أكد الدكتور حمدي حسن المتحدث باسم الكتلة البرلمانية للإخوان أن ما أسماها ب "محكمة التاريخ" ستسجل هذا الأمر على النظام وتدينه، لأنه أحال المدنيين للمحاكم العسكرية التي أنشئت للعسكريين فقط، مشيرا إلى أن قرار الإحالة جاء باستخدام قانون الطوارئ البغيض ضد أشخاص لم يرتكبوا أي جريمة بحق مصر في حين لم يطبق هذا القانون والأحكام الاستثنائية ضد اللصوص وتجار المخدرات والبلطجية والمجرمين. وأضاف حسن: كنا نتوقع أن تقوم محكمة النقض العسكرية بتبييض وجه النظام وتبرئ هؤلاء الشرفاء من التهم التي برأتهم منها محكمة الجنايات، بينما فسر قرار الإفراج عن مجموعة الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح مقارنة برفض طعن الشاطر ومجموعته، لكون المجموعة الأولى كانت تحاكم أمام القضاء الطبيعي الذي يطبق أحكام القانون والدستور، في حين أن الثانية حوكمت أمام قضاء عسكري يتم تعيينهم بقرار من وزير الدفاع. من ناحيته، وصف عبد المنعم عبد المقصود محامي "الإخوان" هذه المحاكمات التي تتم أمام قضاء استثنائي بأنها محاكمات غير عادلة، لأنها تحرم المدنيين من المحاكمة أمام قاضيهم الطبيعي، واتهم النظام الحاكم بأنه يلجأ لإحالة المدنيين إلى القضاء العسكري عندما يرغب في استصدار الأحكام التي يريدها للانتقام من خصومه السياسيين من الإخوان. وأعرب محامي الإخوان عن تشاؤمه الشديد من إمكانية حصول موكليه على حقوقهم من هذا القضاء الاستثنائي وقال: "لا أمل في محاكمة عادلة أمام القضاء العسكري، خاصة وأننا استنفذنا كل المحاولات التي يمكننا القيام بها وليس لدينا أي فرصة في الحصول على أية حقوق أمام هذا القضاء الاستثنائي". وأشار إلى أن رئيس الجمهورية هو الذي يصدر قرارات الإحالة إلى هذه المحاكم التي تخضع لإشراف ورئاسة وزير الدفاع، لافتا إلى أن المتهمين ليسوا وحدهم الذين لا يتمتعون بأية حصانة، بل أن قضاة هذه المحاكم أيضا يفتقدون للحصانة، نظرا لأنهم قابلون للعزل أو عدم التجديد لهم من قبل وزير الدفاع، خاصة وأن هؤلاء القضاة يجدد لهم بشكل سنوي بعد حصولهم على رتبة عقيد.