أقام العشرات من حملة الماجستير والدكتوراه المعنيين في وظيفة مدرسين ومدرسين مساعدين، دعوى قضائية أمام محكمة القضاء الإداري، وذلك بسبب رفض إدارة الجامعة توزيعهم كمدرسي المادة على الكليات، وقامت بإعادة تسكينهم في وظيفة إدارية كأخصائي تعليم ثالث، وهو ما اعتبروه إهانة لهم، باعتبارها بعيدًا عن تخصصاتهم كأعضاء هيئة تدريس، ما دفعهم إلى اللجوء للقضاء الإدارى لإلزام الجامعة بإعادة تعيينهم على كادر أعضاء هيئة التدريس. وأكدت علياء عادل، مدرس مادة بقسم المكتبات بكلية الآداب، أن المشكلة حدثت بعد تعيينهم بالجامعة منذ سبعة أشهر كمدرسين مادة ولغة، وانتظمنا في أداء الوظائف والمهام المسندة إلينا لأكثر من شهرين متتالين، ثم فوجئنا بإرسال إدارة الجامعة خطابا إلى الجهاز المركزي للتنظيم والإدارة ترفض فيه قرار تعييننا بحجة أن الجامعة ليست فى حاجة إلينا، وأن رؤساء الأقسام بالكليات يرفضون تسكينهم على الوظائف، ورد عليها الجهاز المركزي للتنظيم والإدارة بخطاب يفيد بإعادة تسكيننا في وظيفة إدارية على بند أخصائي تعليم ثالث، وليس ضمن كادر أعضاء هيئة التدريس. وأكدت هنادى غريب، حاصلة على ماجستير صحافة من كلية الآداب، أن جميع المتقدمين لهذه الوظيفة صدرت لهم قرارات تعيين رسمية باعتبارهم حاصلين على مؤهلات عليا أقلها درجة الماجستير، ولكن فوجئنا بقرار الجامعة بتسكيننا في هذه الوظيفة الإدارية وكأنها تعاقبنا على تفوقنا وحصولنا على شهادة الماجستير والدكتوراة، بما يتناقض مع القانون ومع القرار رقم (15) بتاريخ 16/6/2012بتعييننا كمدرسي مادة ولغة. وأشارت نهلة محمد، حاصلة على ماجستير صحافة، إلى أن إدارة الكلية وضعتهم تحت الاختبار لمدة 6أشهر ولم يتم صرف حوافزنا المالية الخاصة بنا خلال تلك الفترة، برغم اجتيازنا فترة الاختبار، وفي وجود ميزانية خاصة بالمشروع القومى لأوائل الخريجين على أن يتم صرف مرتب لا يقل عن 1200جنيه شهريًا لكل من تم تعيينه، وفي ظل الوعود بتسلمنا الحوافز بعد انقضاء فترة الاختبار وكنا نتقاضى 343جنيهًا. واستنكر محمد محمد إسماعيل، حاصل على ماجستير من قسم الفلسفة بكلية الآداب، قرار لجنة شئون العاملين بتاريخ 16/9/2012 بتحويل المسمى الوظيفى من مدرس مادة إلى أخصائي تعليم ثالث، معتبرا أن الجامعة طبقت القرار بأثر رجعى فى سابقة هى الأولى من نوعها، حيث كان ينبغى على إدارة الجامعة إبلاغهم بهذا القرار خلال فترة التدريب أثناء ال60يومًا الأولى من عملنا بالجامعة، مؤكدًا أن هذا القرار متعمدًا من إدارة الجامعة لتضييع فرصة علينا من التظلم وهو ما فوت علينا فرص الالتحاق بوظائف أخرى تتناسب مع مؤهلاتنا. وانتقدت سالى سعيد أنور، حاصلة على ماجستير، عدم إعطاء إدارة الكلية إجازة رعاية طفل أو مرافقة زوج أو إجازة بدون مرتب للتفرغ للدراسة لزميلاتها، رغم أنه حق يكفله القانون بعد مرور 6أشهر من تعيينهن.