أبقى مشروع دستور مصر الجديد على عرف مصري استمر لعقود يقضي بأن يعيّن رئيس الجمهورية وزير الدفاع من أبناء الجيش، ولا يكون من خارجه، كما يحظر المشروع على الأفراد والهيئات والجهات والجماعات إنشاء تشكيلات أو فرق أو تنظيمات عسكرية أو شبه عسكرية. وتقضي مواد مشروع الدستور أيضا المرتبطة بالجيش والأمن القومي بإنشاء مجلس أمن قومي ومجلس دفاع وطني يتولى رئاسته رئيس الجمهورية. ويختص مجلس الأمن القومي بإقرار استراتيجيات تحقيق الأمن في البلاد، ومواجهة حالات الكوارث والأزمات بشتى أنواعها، فيما يختص مجلس الدفاع الوطني بالنظر في الشؤون الخاصة بوسائل تأمين البلاد وسلامتها، ومناقشة موازنة القوات المسلحة، ويجب أخذ رأيه في مشروعات القوانين المتعلقة بالقوات المسلحة، بحسب نص المشروع الذي حصلت وكالة الأناضول للأنباء على نسخة منه. ونصّ على أن القضاء العسكري جهة قضائية مستقلة، يختص دون غيره بالفصل في كافة الجرائم المتعلقة بالقوات المسلحة وضباطها وأفرادها، وجرائم الخدمة العسكرية، ولا يجوز محاكمة مدنى أمام القضاء العسكري إلا في الجرائم التي تضر بالقوات المسلحة ويحدد القانون تلك الجرائم، ويبين اختصاصات القضاء العسكري الأخرى.