أعلنت حركة 6 أبريل عن تلقى أعضائها العديد من التهديدات سواء المباشرة أو عن طريق اتصالات تليفونية وتحرشات من ميليشيات جماعة الإخوان المسلمين، التى أخذت تتحرى عن عناوين بعض قيادات الحركة بالقاهرة والمحافظات. وأوضح بيان صادر عن الحركة أن من بين تلك الشخصيات التي تلقت تهديدات طارق الخولى وعمرو الوزيرى من قيادات الحركة ومؤسسيه بالقاهرة، ومحمد مجدي وعلى محمد على من قيادات الحركة ببورسعيد، وعلى السيد من قيادات الحركة بأسيوط، ومحمد علاء من قيادات الحركة بالشرقية. وقال البيان: جميعهم تلقوا رسائل تهديدات كثيرة من جانب الإخوان المسلمين، ولكنهم مازالوا مُصرين على موقفهم ضد الظلم والديكتاتورية.