أثار جدل داخل حزب النور السلفى حول قرار المشاركة فى مراسم تنصيب البابا الجديد، وطالب الحزب من البابا الجديد بضرورة إعادة الكنيسة إلى مجراها الطبيعي، ونزع فتيل الاحتقان الحادث بين أبناء الشعب وجعل أبناء الكنيسة نسيجًا واحدًا مع أبناء الشعب، وإقصاء الكنيسة عن معترك العمل السياسى وجعلها كياناً روحياً فقط وليست دولة موازية داخل الدولة. من جانبه، قال الدكتور يونس مخيون، عضو الهيئة العليا لحزب النور السلفى، إنه يتمنى أن تسعى الكنيسة بالقيادة الجديدة بعد نجاح "تواضروس" إلى تغيير دفة شراع الكنيسة عما كانت عليه خلال الفترة الماضية، مطالبًا البابا الجديد بأن يسعى للتعايش من الشعب المصرى وجعل الأقباط والكنيسة نسيجًا واحدًا من الشعب المصري. وطالب مخيون فى تصريحات خاصة ل"المصريون" البابا الجديد بأن ينتزع فتيل الاحتقان الذى كان موجودًا بين المسلمين والأقباط من قبل والذى صنعته القيادة السابقة للكنيسة، وأن تظل الكنيسة تحت مظلة الدولة وليس كيانًا منفصلًا عنها أو دولة موازية وهو ما وتر العلاقات مع المسلمين خلال الفترة الماضية. كما طالب بأن تظل الكنيسة كيانًا روحيًا للنصارى ولا تزج بنفسها فى اللعبة السياسية حتى يتلاشى الاحتقان الحادث بين المسلمين والنصارى، وأن تعود لما كانت عليه من قبل كونها المرجعية الروحية للنصارى. من جانبه، قال الدكتور محمد نور المتحدث الإعلامى للحزب، إن حزبه لم يقرر بعد مشاركته فى مراسم تنصيب البابا أو عدمه، مؤكدًا أن الحزب حتى الآن لم يتلق دعوة رسمية من الكنيسة، لكن فى حال دعوة الكنيسة للحزب فإن قيادات الحزب ستقرر المشاركة حينها. وأشار إلى أن المشاركة فى تنصيب البابا إن تمت فإنها تكون عملا سياسيا من قبل الحزب ولا علاقة للمذاهب فيه، وإن لاقت اعتراضًا من قبل بعض أبناء الحزب والدعوة السلفية. وعلمت "المصريون" أن جدلاً واسعًا نشب فى حزب النور حول حضور قيادات الحزب حفل تنصب البابا، وذلك على خلفية المخالفات العقائدية بين الجانبين.