أجمع عدد من المفكرين الأقباط أن ترشح الأساقفة لمنصب "البابا" سيسبب أزمات كثيرة داخل الكنيسة المصرية معتبرين أنه أحد أشكال الفساد وطالبوا بوجود لائحة جديدة تتفق مع قوانين الكنيسة منعا لإحداث الأزمات. وقال كمال زاخر، المفكر القبطى ومنسق جبهة العلمانيين بالكنيسة الأرثوذكسية، إن ترشح الأساقفة لمنصب البابا يجعل الكنيسة تدخل فى مرحلة تصفية حسابات، مشيرًا إلى أن المنصب محل نظر الكثيرين الذين يبحثون عن الشهرة بالرغم من أن ليس لديهم إمكانيات البابا شنودة. وأضاف خلال مؤتمر بعنوان "حق شعب الإسكندرية فى اختيار راعية أسقف الإسكندرية البابا118"، بمدرسة سانت كاترين، برعاية جماعة الإصلاح القبطى الأرثوذكسى تحت شعار "لا لترشح الأساقفة" و"الشعب يريد بابا من الرهبان"، أن ما يحدث على الساحة القبطية ليس صراعًا للأساقفة وإنما أجهزة الدولة هى التى تغذى الصراع منذ عهد بعيد الذين تدخلوا فى اختيار البابا، عدا مبارك الذى لم يتدخل فى اختيار البابا لعدم اتساق ذلك مع فطرته. وأشار زاخر إلى أن البابا شنودة جاء مع مجىء السادات الذى قام بإحياء الخلايا الإسلامية الراديكالية النائمة الإرهابية، وأول شىء قاموا به وجهوا رسائلهم الأولى للأقباط ومنها أحداث الخانكة التى هزت العالم وقتها وفى ذلك التوقيت فتحت الكنيسة أبوبها للأقباط، وأصبحت مجتمعاً بديلاً وقدمت حياة اجتماعية متكاملة ورضيت جميع الأطراف. وأكد أن الأقباط يريدون البابا الجديد أن يصعد بهم للأبدية والملكوت ولا يصعد إلى الكرسى البابوى شخصية متشددة ستكون أزمة أمام تيار الإسلام السياسى بما يمثل نوعاً من التصادم، أما أذا اختير البابا شخصية مطيعة للحاكم سيكون بذلك سلم الأقباط تسليم مفتاح للنظام الجديد – على حد قوله. ومن ناحية أخرى، هاجم زاخر تيار الإسلام السياسى، معتبرا أن مصر فى حاجة للتصدى إلى الهجمة الشرسة من التيار الإسلامى الذى صعد فى غفلة من القوى السياسية، محذرا من خطورة تفريغ الأقباط حتى لا تكون مصر مهددة بالتقسيم والضياع. وبدوره أكد الدكتور مينا بديع، الباحث فى الدراسات القبطية وعضو المجمع المصرى، أن الأنبا باخوميوس اعترض على رفض ترشح الأساقفة للمنصب البابوى، مفسرا ذلك بأنه لم يكن قادرًا على اتخاذ قرار شجاع، لافتا إلى أنه أرسل للمجمع المقدس للكنيسة القبطية بمنع ترشح الأساقفة لكن الرسالة لم تلق أى اهتمام، ووصل الأمر فى النهاية إلى الخلافات والتشكيك وتقديم الطعون. كما اعتبر إسحاق حنا، رئيس الجمعية المصرية للتنوير، أن ما يفعله الأساقفة هو شكل من أشكال الفساد وترشحهم هو خطأ جسيم، مشددًا على ضرورة عمل لائحة أخرى تتفق مع قوانين الكنيسة وأن يتم تأجيل الانتخابات حتى يستطيع الأقباط المشاركة فى قضايا وطنهم. وأشار حنا إلى وجود ملفات غير جيدة لبعض الأساقفة وعندما تطرح ويعلن البابا الجديد سيكون مشوهاً قبل أن يجلس على الكرسى، ويؤدى ذلك فى النهاية إلى تشتت وانقسام الكنيسة. فيما قال الدكتور عيسى جرجس، رئيس جماعة الإصلاح القبطى الأرثوذكسى، إن هدف المؤتمر هو الوصول إلى إنهاء حالة البلبلة فى المجتمع القبطى، فيما يتعلق بالكرسى البابوى كمحاولة للخروج من الأزمة.