منذ أن صدرت جريدة الدستور عام 2005 وتحويلها من إصدار أسبوعى إلى صحيفة يومية عام 2007، برئاسة تحرير إبراهيم عيسى, كانت الجريدة من أشد المدافعين عن جماعة الإخوان المسلمين، فى مواجهة حملات الاعتقال والمطاردة، التى كان يشنها نظام مبارك وجهاز حبيب العادلى الأمنى, وتميزت علاقة الجريدة بالجماعة بالحميمية، إلى الحد الذى جعل البعض يعتقد أن إبراهيم عيسى انضم لجماعة الإخوان, ليس هذا فقط, بل ترددت شائعات تزعم أن الإخوان يمولون الجريدة، التى كانت تعانى من أزمات مالية طاحنة فى ظل الحصار الذى فرضه نظام مبارك لخنق الجريدة بعد أن منع الشركات ورجال الأعمال من نشر إعلانات فيها, فى حين زعمت شائعات أخرى أن الإخوان يمولون الدستور بطريقة غير مباشرة عن طريق شراء ما يقرب من 30 ألف نسخة من الجريدة يوميًا. الطريف أن الجريدة تعرضت لأزمتين عاصفتين فى تاريخها الأولى عندما قام رضا إدوارد بشراء الجريدة، وقام بعزل رئيس تحريرها إبراهيم عيسى, ترددت أنباء وقتها أن الإطاحة بعيسى كان بسبب دفاعه عن الإخوان فى مواجهة الحملات الأمنية، التى كان يشنها ضدهم نظام مبارك, أما الأزمة الثانية فهى التى تواجهها الجريدة الآن بسبب الإخوان أيضًا, ولكن هذه المرة بسبب انقلاب الجريدة على الإخوان وتبنيها حملات يومية ضد سياسات الجماعة بعد أن وصلت لعرش مصر.