أعربت الجماعة الإسلامية عن استيائها البالغ من وضع عراقيل أمام قرار الرئيس محمد مرسى بالعفو عن 572 سجينًا من بينهم ما يقرب من 55 من أعضاء الجماعة الإسلامية والجهاد والسلفية الجهادية والتذرع بحجج واهية لتأخير قرار الإفراج عنهم. وكشف الدكتور نصر عبد السلام رئيس حزب البناء والتنمية الذراع السياسية للجماعة الإسلامية أنه لم يتم الإفراج حتى الآن عن أى من سجناء التيارات الإسلامية الذين شملهم قرار العفو دون أن تصل للجماعة أى أنباء عن الشروع فى إجراءات الإفراج. غير أنه رجح أن تتم إزالة العراقيل من أمام القرار، نافيًا علمه بصدور قرار من قبل المجلس الأعلى للقوات المسلحة بتجميد قرار الدكتور محمد مرسى بالعفو عن هؤلاء السجناء باعتبار بعضهم يشكل خطرًا على أمن البلاد. وأكد إبراهيم على محامى الجماعة الإسلامية أن العقبات التى حالت دون تنفيذ القرار حتى الآن لا تتعلق بأعضاء فى الجماعة الإسلامية والجهاد بل بكوادر السلفية الجهادية الصادر ضدهم أحكام بالإعدام فى قضية تفجيرات سيناء وهم: أسامة محمد عبدالغنى ومحمد جايز صباح ويونس محمد محمود ومحمد عبد الله رباع سليمان، لاسيما أن الخمسة صدرت ضدهم أحكام بالإعدام تم الطعن عليها وأحيلوا إلى المحاكمة أمام دائرة أخرى وقال إن الأسماء الخمسة تمت إزالتها من قوائم العفو باعتبار أن الدكتور مرسى لا يملك دستوريا قرار العفو عن هؤلاء السجناء، باعتباره لا يملك حق التشريع وهو ما ينطبق على رباعى "الجماعة الإسلامية": رفاعى طه وعثمان سمان ومصطفى حمزة ومحمد شوقى الإسلامبولى المتهمين فى قضية "العائدون من أفغانستان" الذين تمت إحالتهم إلى محكمة مدنية.