منذ أن تم الإطاحة بالرئيس المعزول محمد مرسي في 30 يونيو 2013، وبدأت العلاقات السودانية المصرية تتدهور يومًا تلو الأخر، وتراشق كل الطرفين بالألفاظ والاتهامات الجارحة، وكانت أول تلك الخلافات هو مطالبة الرئيس السوداني "عمر البشير"، بتنازل مصر عن المنطقة الحدودية جنوبأسوان و"حلايب وشلاتين" لأنها من حق السودان بحسب قولهم، فرفضت مصر هذا الأمر برد عنيف من قبل الحكومة المصرية ومن قبل بعض الإعلاميين الذي تسببوا في ذلك الوقت إلي خلافات كبيرة بين البلدين جعلت الجانب السوداني يطالب وزارة الخارجية المصرية بالاعتذار. وعقب أن هدأت الأزمة بين البلدين بسبب حلايب وشلاتين ظهرت أزمة أخرى أشعلت نيران الغضب بين البلدين، وهى تعرض أحد المواطنين السودانيين للتعذيب والاعتداء بالضرب داخل أحد أقسام الشرطة بتهمة التواجد في مصر دون تأشيرة أو جواز سفر أو حتى إقامة، وكان هذا الأمن بالتزامن مع تأييد السودان لإثيوبيا في بناء "سد النهضة". واستمرت الأوضاع السياسية بين البلدين في تدهور تارة من أجل سد النهضة والمياه وتارة من أجل حلايب وشلاتين، حتى خرج وزير الدفاع السوداني الفريق أول "ركن عوض بن عوف" و قال: "إن الجيش المصري يقوم باستفزازات على الحدود مع بلاده مشيرًا إلي حلايب وشلاتين لأنها منطقة حدودية". كما تجددت الأزمة مرة أخرى خلال الأيام الحالية، عقب أن قامت مصر بحسب تصريحات الخارجية السودانية بالتصويب لصالح قرار فرض عقوبات على السودان في مجلس الأمن بشأن بيع السودان أسلحة لليمن، يأتي ذلك في الوقت الذي نفت فيه وزارة الخارجية المصرية تصويب مصر ضد السودان في مجلس الأمن يوم الخميس الماضي. عبد الله الأشعل، مساعد وزير الخارجية الأسبق، قال إن تدهور العلاقات بين البلدين السوداني والمصري السبب الرئيسي لها الحكام، خاصة أن النظامين عسكريان ومختلفان فالبشير عسكري لكنه موالٍ للإخوان والرئيس السيسي عسكري لكنه معارض للإخوان، ولذلك السبب يتعمد كل من الرئيسين اختلاق المشاكل بين حين وآخر. وأشار"الأشعل" في تصريحات خاصة ل"المصريون": "فيما يخص التضارب الحادث بين مصر والسودان بشأن قرار التصويب علي فرض عقوبات ضد الأخيرة، على وزارة الخارجية الرجوع لجلسة التصويت مرة أخرى لسماع الرأي المصري حول قرار فرض العقوبات". وفي ذات السياق اقترح "الأشعل" لحل الأزمة بين البلدين عمل لجنة أهلية غير حكومية تضم كل المثقفين وكبار العلماء والنخب السياسية لكل من مصر والسودان ووضع ميثاق مبادئ يحكم العلاقة بين البلدين. وتابع الأشعل:"أنا اقترحت هذا الأمر من أجل الحفاظ علي المصالح المشتركة بين البلدين خاصة المياه والعلاقة بين الشعب المصري والسوداني".