رغم وجوده في سجون إسرائيل، نجح المناضل الفلسطيني مروان البرغوثي في الفوز ب70% من أصوات أعضاء حركة فتح، ويصبح العضو البارز في اللجنة المركزية للحركة، أقوى المرشحين لخلافة الرئيس الفلسطيني في الحركة محمود عباس، بينما يرى دبلوماسي إسرائيل أن هذا لن يحدث. وفاز البرغوثي المعتقل في السجون الإسرائيلية منذ 14 عاماً، رسمياً الأحد 4 ديسمبر 2016، بعضوية اللجنة المركزية للحركة في المؤتمر المنعقد في رام الله منذ عدة أيام. وقالت فدوى البرغوثي، زوجة الأسير الفلسطيني "رغم وجوده في السجن منذ 14 عاماً فإنه لا يزال نفوذ مروان أكبر مما كان عليه في أي وقت"، مضيفة "لقد نجح في إفشال المخطط الإسرائيلي لإسكاته وعزله عن الشارع وعن السياسة الفلسطينية". وبرز مروان البرغوثي على الساحة الفلسطينية بقوة مع انطلاق الانتفاضة الثانية بين عامي 2000 و2005، حيث اعتُبر محركها وملهمها. وبعدما أدانه القضاء الإسرائيلي بالتورط في هجماتٍ، حَكَم عليه عام 2004 بالسجن المؤبد خمس مرات، ولا يزال عدد كبير من الإسرائيليين يعتبرونه "إرهابياً". قالت تسريبات صادرة عن اجتماع خاص ضم دبلوماسيين غربيين مع المبعوث الأميركي لعملية السلام الفلسطينية الإسرائيلية، فرانك ليفينستاين، إن الأخير جزم بشكل قاطع، أي إمكانية أو احتمالية لوجود حظوظ لقبول قدوم القيادي الفتحاوي الأسير لدى الاحتلال، مروان البرغوثي، لخلافة السلطة الفلسطينية بعد عباس، بحسب ما ذكر موقع عربي 21. وبحسب "مصدر مطلع"، الذي نقل عنه موقع عربي 21، نقل في تسريبه عن محضر اللقاء، قوله إن أحد الدبلوماسيين أكد على لسان "ليفينستاين" أن مرحلة ما بعد محمود عباس لن تكون مفتوحة أمام مروان البرغوثي، مشدداً على أن الأخير "سيبقى في السجن، ولن يخرج منه أبداً". وقال الموقع إن التسريبات تمت بحضور وفد فلسطيني أغسطس الماضي. وتطرَّق اللقاء الخاص إلى ملف المصالحة الفلسطينية، حيث أعرب "ليفينستاين" عن عدم تفاؤل الإدارة الأميركية بحصول أي تقدم في ملف المصالحة بين حركتي فتح وحماس. خلال محاكمته التي أرادها أن تكون محاكمةً للاحتلال، ردَّ البرغوثي على الأحكام الصادرة بحقه بالقول، إن الانتفاضة مستمرة، وهو يرفع شارةَ النصر. وتنتشر صوره وهو مقيد اليدين، من دون أن يمنعه ذلك من رفع شارة النصر، في كل أنحاء الضفة الغربيةالمحتلة، وخصوصاً على الجدار العازل الذي بناه الإسرائيليون للفصل بين أراضي إسرائيل وسكان الضفة الذين باتوا في سجن كبير. ومن السجون المختلفة التي يُنقل إليها كل فترة، يَنشر البرغوثي رسائلَ مفتوحة إلى الشعب الفلسطيني. وكتب في إحدى هذه الرسائل: "قالوا لنا إننا باعتمادنا السبل السلمية والاتصالات الدبلوماسية والسياسية فإننا سنحصل على دعم المجتمع الدولي لإنهاء الاحتلال الإسرائيلي. إلا أن المجتمع الدولي فشل في اتخاذ ولو إجراء واحداً ذا مغزى". ويدعو البرغوثي إلى "سلام يستند إلى القانون الدولي وقرارات الأممالمتحدة"، إلا أنه يؤكد أن إسرائيل بالمقابل "دمرت بشكل منهجي هذا الاحتمال عاماً بعد عام". ومنذ اعتقاله عام 2002 لا تزال شعبية البرغوثي تتزايد، حتى إنه بدا كخليفة محتمل لياسر عرفات، عند وفاة الأخير عام 2004. واليوم يتعرض الرئيس الفلسطيني محمود عباس لانتقادات شديدة على الساحة الفلسطينية، وكشف استطلاع أخير أن ثلثي الفلسطينيين يريدون منه الاستقالة. وجاء في نتائج هذا الاستطلاع، الذي أجراه المركز الفلسطيني للبحوث السياسية والمسحية، أنه في حال جرت الانتخابات الرئاسية الفلسطينية اليوم بين البرغوثي وعباس، والقيادي في حركة حماس إسماعيل هنية، فإن البرغوثي سيفوز بنسبة 41% من الأصوات مقابل 33% لهنية و21% لعباس. ولا يزال البرغوثي قادراً على تحريك الجماهير، ويرى كثيرون أنه الوحيد القادر على إنهاء الانقسام بين حركتي فتح وحماس.
وكان قدم ترشيحه للرئاسة الفلسطينية من السجن عام 2005، في تحدٍّ للحرس القديم في حركة فتح، قبل أن يسحب ترشيحه ويقدم دعمه لعباس.