كشفت معاينة النيابة الإدارية لمستشفى المنشأة، عن ملابس مغطاة بالدم، وقوارض في ثلاجة الموتى، وأن غرفة العمليات الجراحية مغلقة، والممرضات هن من يشرفن على غسيل الكلى. بناءً على توجيهات المستشار علي رزق، رئيس هيئة النيابة الإدارية، بإجراء تحقيقات عاجلة بشأن ما أذاعه الإعلامي عمرو أديب في برنامجه "كل يوم"، من تقرير مصور كشف أوجه الإهمال والقصور بمستشفى المنشأة المركزي بسوهاج، تم تكليف فريق من أعضاء النيابة الإدارية بسوهاج برئاسة المستشار محمد ضيف عميرة، نائب رئيس الهيئة، وعضوية المستشارين هشام أحمد عبد المغيث، وعلاء الدين مقلد نواب، رئيس الهيئة، ومحمد عبد الراضي، أحمد السيد الطهطاوي، ماهر رضوان أبو خلاف، معتز الهلالي رؤساء النيابة، وهشام تمام وحسين عاطف، وكلاء أول النيابة. انتقلت النيابة لمعاينة المستشفى صباح يوم الخميس 20 أكتوبر 2016، وتكشف للنيابة سوء حالة المستشفى وإهمالها بوجه عام، وهو ما اتضح جليًا من سوء حالة النظافة، وسوء حالة الصرف الصحي خارج الأقسام وداخلها، كما تبين للنيابة وجود حالة عامة من عدم الانضباط الإداري. وقد كشفت النيابة بمعاينة ثلاجة الموتى بالمستشفى تعطل الثلاجة الأولى بالمستشفى وتلف أبوابها وعدم كفاءة الثلاجة الثانية، ووجود ملابس موتى ملقاة على الأرض بها بقع كبيرة من دماء وتبين للنيابة وجود فضلات حيوانات قارضة سواء في الغرفة أو داخل الثلاجة ذاتها. وقد كشفت معاينة النيابة الإدارية لقسم الغسيل الكلوي عن إهمال شديد في حفظ المياه والسوائل المستخدمة في الغسيل، غياب تام للأطباء بالقسم، وهو ما أكده التمريض باعتراف إحدى الممرضات أن عملية غسيل الكلى تجرى تحت إشراف التمريض وليس إشراف طبيب. كذلك تبين من المعاينة إغلاق غرفة العمليات الخاصة بالقسم منذ فترة طويلة، وعدم إجراء عمليات بها كبرى أو صغرى بداعي نقص المستلزمات الطبية، وبمعاينة قسم النساء والتوليد تبين وجود بقع من الدماء تلطخ مفارش وملاءات غرفة كشف النساء؛ مما يسهل انتقال العدوى، كما تضرر المواطنون المتواجدون للكشف آنذاك من شراء مستلزمات العلاج والعمليات القيصرية من خارج المستشفى لعدم توافرها بصيدلية المستشفى. أما فيما يخص قسم الأطفال المبسترين تبين عدم وجود طبيب مناوب بالقسم وقت المعاينة والحضانات تعمل تحت إشراف التمريض فقط. أما المخالفات التي أسفر عنها فحص ومعاينة قسم الأطفال بالمستشفى فقد تبين خلو القسم بالكامل من أي أطباء أو عناصر تمريض وكافة السرائر خالية من الحالات المرضية وتوجد بعض المستلزمات الطبية معرضة للهواء والتلوث كبعض سوائل المطهرات.