رفض الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح، الأمين العام لاتحاد الأطباء العرب وصفه بالمرشح الإسلامي، كما يرفض موقف جماعته، جماعة الإخوان المسلمين، التي فصلته من عضويتها وأعلنت عدم مساندتها له على لسان مرشدها العام، بدعوى عدم رغبتها في استفزاز الغرب، ويعتبر أن حديثها لا محل له من الإعراب بعد الثورة، مؤكدا أن الذي يقرر من سيكون رئيس مصر هو الشعب المصري. ورأى أبو الفتوح خلال حواره لجريدة الشرق الأوسط أن ملامح مصر في الجمهورية الثانية ستتشكل على أسس الحرية والعدل والمواطنة الحقيقية، مؤكدًا أنه رغم الارتباك الذي شاب إدارة المجلس العسكري للفترة الانتقالية فإنه يرفض تجريحه أو الإساءة إليه. وحذر القيادي الإخواني السابق من إطالة الوضع الانتقالي؛ لأن هذا سيدخل مصر في انهيار اقتصادي وثورة جياع ويعرض البلاد لخلل أمني كبير، وأكد أبو الفتوح أن استفتاء 19 مارس يجعل انتخاب رئيس الجمهورية سابقا على وضع الدستور، ذلك بعكس ما تردده بعض القوى السياسية المطالبة بألا تجرى انتخابات الرئاسة إلا بعد وضع دستور جديد يحدد اختصاصات واضحة ومحددة لرئيس الجمهورية، وهو ما يرفضه المرشح الرئاسي المحتمل لأنه سيؤدي إلى «سلق» الدستور، بحسب تعبيره. ويقول عبد المنعم أبو الفتوح إنه لم يفاجأ بحصول الإسلاميين على أكثر من 70 في المائة من مقاعد البرلمان المصري، مؤكدا أن هذه النسبة ستقل في الانتخابات التالية حتى تصل إلى حجمها الطبيعي، وتعليقا على بزوغ نجم السلفيين في فضاء العمل العام، يرى أبو الفتوح أن دخولهم العملية السياسية مكسب لمصر لأن هذا سيجعلهم أكثر اعتدالا وبرجماتية واحتراما للواقع، ولكن إذا تم إقصاؤهم سيزداد تطرفهم. ورغم أن أبو الفتوح كان من أشد المتحمسين لدخول جماعة الإخوان إلى العمل العام سواء في النقابات أو البرلمان لتحسم بشكل نهائي جدلا طويلا استمر عقودا حول سبل التغيير، «لتعود إلى النهج السلمي المعتدل الذي وضعه مرشدها الأول حسن البنا» بحسب قوله، رفض أن يكون للجماعة حزب سياسي رغم ما يجسده هذا الحزب من استكمال لهذا النهج، موضحًا ذلك بأن الجماعة تظل جماعة وتمارس نشاطها الدعوي والفكري والخدمي والسياسي ولكن لا تمارس العمل الحزبي، و"أنا ما زلت أرى لمصلحة مصر ولمصلحة الدين أن تظل جماعة الإخوان بعيدة عن العمل الحزبي بحيث لا تكون حزبا ولا يكون لها حزب". مضيفًا: يجب أن نفرق بين الوضع قبل الثورة وبعدها، قبل الثورة كان مفروضا علينا كلنا أن نسير بطريقة خطأ، ولا يستطيع أحد وقتها أن يؤسس حزبا بدليل حزب الوسط الذي استمر 15 سنة ولم يأخذ رخصة تأسيس إلا بعد الثورة، وبالتالي كان مفروضا علينا قبل الثورة أداء غير صحيح، وعندما كان الإخوان يخوضون الانتخابات قبل الثورة كانوا يخوضونها بصفة مستقل وهم ليسوا مستقلين، أو يتحالفون مع حزب آخر مثل العمل أو الأحرار أو الوفد وهذا كان وضعا غير طبيعي. واستكمل: بعد الثورة قلت إنه إذا سمح للإخوان كأفراد أن يؤسسوا حزبا فليؤسسوه بشرط ألا يكون فرعا من الجماعة، فلا يرتبط بها ولا تضع له السياسات ولا يتلقى التعليمات منها، بحيث نقوم كأفراد من الإخوان ومعنا آخرون من الوطنيين ونؤسس حزبا لا يكون فرعا من الجماعة ولا جناحها السياسي، لأن هذه تجربة تمت للحركة الإسلامية في الجزائر وكانت كلها سلبيات، وسلبياتها في مصر ستظهر في المستقبل.