اختلف خبراء مياه حول مدى أهمية تحالف مصر مع السودان، لمواجهة تكتل دول حوض النيل، فبينما أكد عدد منهم أن السودان «حجر الأساس» لبناء جبهة مضادة، رأى البعض الآخر أن السودان لا يمكن الاعتماد عليه، بسبب إمكانية انفصال جنوبه. وقال الدكتور محمود أبوالعينين، عميد معهد الدراسات الأفريقية بجامعة القاهرة، خلال ندوة «مدخل إلى العمل الإقليمى لمصر فى حوض النيل»، بمركز الدراسات السياسية، أمس الأول، إن الدور الإقليمى المصرى تأثر سلبا بسبب تغيير أولويات السياسة المصرية، والتركيز على الداخل على حساب الخارج، مما أعطى الفرصة لإسرائيل لاختراق أفريقيا. وأشار أبوالعينين إلى أن بدائل العمل الإقليمى فى ذلك الوقت، تتمثل فى إقامة جبهة مصرية سودانية قوية، باعتبار أن السودان «حجر الأساس»، وذلك بإعادة اتفاقية الدفاع المشترك مع هذا البلد، أو على الأقل التلويح بها، مع الحرص على تعامل مصر مع السودان باعتباره «بلدا واحدا بنظامين» لأهمية جنوب السودان. وقال الدكتور مغاورى دياب، رئيس جامعة المنوفية الأسبق، إن الحديث عن حصص المياه غير علمى، مشددا على أهمية جمع المعلومات والبيانات الخاصة بالمياه ومقدار استخدامها والمهدر منها فى دول حوض النيل، حتى تتم إدارة الملف بشكل «علمى سياسى». وقال هانئ رسلان، رئيس برنامج دراسات السودان وحوض النيل بمركز الأهرام للدراسات، إن جنوب السودان سيصبح الدولة رقم 11 فى دول حوض النيل، بعد الاستفتاء الذى سيتم فى يناير 2011، مؤكدا أن موقف الجنوب سيكون مضادا لمصر، مبررا ذلك بأنه سيصبح قاعدة عسكرية إسرائيلية أمريكية، وهو ما يمثل خطورة على مصر. وحذر رسلان من اعتماد مصر على السودان فى إدارة المواجهة مع دول المنبع، قائلا: «وسائل الإعلام هناك تصف مصر بالدولة المستعمرة، وتسىء إليها أكثر من وسائل الإعلام فى دول حوض النيل»، منوها بضرورة التحرك السريع، «لأن مصر تواجه اتفاقية موقعة من الأغلبية ولن ينفعها القانون الدولى». وشكك السفير نبيل بدر، مساعد وزير الخارجية الأسبق، فى وقوف الدول العربية بجانب مصر فى تلك الأزمة، فى الوقت الراهن، ولكنه لم يستبعد تغيير موقفها فى وقت لاحق.