بعد أن تحول الراهب مينا الببرموسى إلى البطريرك «كيرلس السادس» استدعى القس أنطونيوس السريانى للعمل فى سكرتاريته والإقامة معه فى الطابق السادس فى المقر البابوى ب «كلوت بك» إلى أن عاد مرة أخرى إلى الدير على أثر خلاف مع الوزير كمال رمزى بسبب كتاب محمد الرسالة والرسول. حاول البابا كيرلس السادس رسامة الراهب أنطونيوس أسقفاً فكان الأخير يقول «أنا غير مستحق لهذه الخدمة».. ولما تكرر هذا الأمر تشاور البابا مع أسقف دير السريان فقال له: «دع لى هذا الأمر»، وعندما ذهب إلى الدير قال له: «البابا كيرلس يريدك فى مشكلة قانونية (قوانين الكنيسة) ولا يوجد غيرك لحلها «وكان من عادة الراهب أنطونيوس أن يضرب مطانية للبابا «الانحناء إلى الأرض لتدليل على الطاعة» وحينما فعل وضرب مطانية وهم الراهب أنطونيوس بالوقوف أخرج البابا الصليب من جيبه، وقال رسمناك يا أنطونيوس باسم شنودة أسقف للتعليم، فقال أنا لا أستحق هذا فقال له البابا سنكمل الرسامة غداً وكانت هذه مفاجأه بسيامته أسقفاً للتعليم للكلية الإكليريكية والمعاهد الدينية باسم الأنبا شنودة. وبعد أن أصبح الأنبا شنودة أسقفاً للتعليم بدأت الخلافات تدب بينه وبين البابا كيرولس مما فع البابا كيرلس بإعادته إلى الدير مرة أخرى. أنشأ الأنبا شنودة مجلة الكرازة فى يناير 1965 التى كان يطلق عليها البابا كيرلس لقب مجلة «الجزارة» وبدأ استخدامها فى مهاجمة البابا كيرلس وتقليب طلبة الكلية الإكليريكية عليه مع زيادة نشر أفكاره وسط الشباب عن طريق المجلة، مما دفع الأخير إلى إيقافها بدافع أن الكنيسة لن تصرف على مطبوعة تهاجمها. دفعت مقالات الأنبا شنودة فى الكرازة طلبة الإكليريكية إلى الخروج على البطريرك كيرلس والتظاهر داخل الكاتدرائية مرددين هتافات يسقط البابا «الجاهل».