بعد الانتهاء من فرز معظم لجان محافظة القاهرة، حصل المرشح الرئاسى حمدين صباحى على 993ألفًا و764 صوتاَ، ويليه فى المركز الثانى أحمد شفيق ب 934ألفًا و198صوتاَ، وجاء محمد مرسى فى المركز الثالث ب 589 ألفًا و715صوتاَ، وأبو الفتوح 553 ألفًا و200 صوت، وعمرو موسى 393 ألفًا و461صوتاَ. وكان النتائج النهائية لفرز 9 مناطق بالقاهرة الكبرى، هي: المرج، مدينة نصر، مصر الجديدة، الوراق، بولاق أبو العلا، ساحل شبرا، إمبابة، طرة، حلوان أشارت إلى تقدم حمدين صباحي ويليه أحمد شفيق ومحمد مرسي، ويأتي أبو الفتوح رابعاً.
وكان مجموع الأصوات كما يلي:
حمدين صباحي: 356783 صوتًا، ويليه الفريق أحمد شفيق ب 329484 صوتًا ويأتى محمد مرسى فى المرتبة الثالثة ب 239235 صوتًا وفى المرتبة الرابعة الدكتور عبد المنعم أبو الفتوح ب 220198 صوتًا.